El solar que ocupa la actual Catedral de Córdoba y antigua Mezquita Aljama, es una zona que no se urbanizaría hasta la época del Imperio de Roma, concretamente sería con el emperador Augusto (s.I d.C.), se desconoce qué utilidad tenía, pero tenía un lugar privilegiado, junto al cardo principal, cerca de la Puerta del Puente y del puerto fluvial.
Las fuentes escritas árabes mencionan la iglesia de San Vicente en el lugar donde se levantó la mezquita de Abd al-Rahman I, mencionándola como “una gran iglesia”.
Los autores Ibn ʿIdhārī y al-Maqqarī narran que los musulmanes, tras la conquista de la península, acordaron con los cristianos, tomar la mitad de su iglesia mayor y construir allí su mezquita aljama (al-Maqqarī, refiere también que el templo cristiano estaba advocado a Shant B.n.j.n.t., que se ha interpretado como la arabización de San Vicente). La otra mitad de la iglesia permanecía propiedad de los cristianos, mientras que los demás santuarios intramuros se destruirían.
Al crecer el número de fieles con los años, el templo islámico quedó pequeño, por lo que Abd al-Raḥman I negoció con los cristianos para la compra de la parte del edificio que mantenían. Para no romper el pacto con los cristianos, el emir les ofreció una alta oferta económica y les daría autorización para construir las iglesias que habían sido destruidas tras la conquista, a extramuros de la ciudad. El contrato se hace en el 784 dando comienzo las obras en agosto de 786 y finalizan un año más tarde. Dicho contrato se hizo al final del gobierno del emir, tras llevar 28 años en el trono.
Entre los años 1931 y 1936 Félix Hernández realizó la única prospección arqueológica realizad en el lado oeste del liwan, localizando varias soleras de mosaico con simbología cristiana, el dosier de estos hallazgos quedaron olvidados en los archivos del Museo Arqueológico, los cuales han sido retomados y a inicios el siglo XXI, los arqueólogos han vuelto a su estudio, realizándose dos catas en el Patio de los Naranjos. De lo descubierto por Félix Hernández, lo único que se puede ver es una sala con un pavimento de mosaico, que se puede ver, tras unos cristales, en el suelo de la zona de Abd al-Rahman I. Entre los hallazgos de Hernández hay un mosaico, actualmente oculto en su lugar de origen, alrededor de dos caras (S y W) de la penúltima columna de la derecha del pasillo central de Adb al-Rahman I. En la excavación citada se localizaron varias piezas arquitectónicas con iconografía cristiana, las cuales se pueden ver en el Museo de San Vicente, en la esquina sureste de la Mezquita.
En 2020 se inició una excavación en el patio para documentar e interpretar con precisión las estructuras descubiertas en 1934. Durante estos trabajos se ha identificado un gran edificio del siglo V con pinturas en las paredes y pavimento de mosaico. Este edificio sería objeto de varias reformas a lo largo del siglo VI y principios del siglo VII. Parece responder a modelos arquitectónicos propios de espacios de recepción de los complejos episcopales de la época.
Se han recuperado imágenes de otros mosaicos documentados en el interior del oratorio islámico, con unos esquemas decorativos muy singulares, cuyos paralelos se encuentran en iglesias del siglo VI en el Mediterráneo central, como San Vital de Rávena, o San Severo en Clase, lo que permite plantear la hipótesis de ubicación de la iglesia episcopal. La información obtenida hace pensar a los arqueólogos que lo que había en este lugar no sería un templo cristiano, sería un gran complejo episcopal similar a los de otras ciudades tardoantiguas, como es el caso de Barcelona, Valencia o Ginebra. Este complejo arquitectónico condicionaría la evolución de este espacio, ocupado por los principales edificios religiosos.
Se calcula que el complejo religioso ocuparía todo el espacio que ocupa actualmente la Mezquita, más el espacio al sur, hasta la muralla, que en la actualidad son una calle y varios edificios, como el Centro de recepción de visitantes. Estaría junto a un complejo civil que ocuparía es espacio que actualmente lo hace el palacio Episcopal, llegando hasta la muralla sur y ·Santos Mártires”.
Cuando los musulmanes levantan la primera mezquita, quieren rapidez, por lo que casi todo el material es reciclado de edificios anteriores, entre ellos este complejo religioso cristiano, motivo por el cual, en varios cimacios se pueden ver cruces picadas, para borrarlas.
En el año 2022 se realiza una nueva excavación en el Patio de los Naranjos, en ella el arqueólogo de la Mezquita-Catedral, Pedro Marfil, establece la existencia de tres fases constructivas preislámicas. La más antigua de mediados del siglo VI, la segunda de la segunda mitad del siglo VI y una tercera del siglo VII. Las dos primeras fases cuentan con pavimentos de mosaico. Se trata de varios edificios pertenecientes a la sede episcopal, de los que alguno de ellos ostentaría el rango de catedral.
Para dar mayor rapidez a las obras se decide el aprovechamiento de elementos de construcción de edificaciones anteriores cercanas, de ahí la heterogeneidad a la hora de comparar basas, columnas y capiteles de la primitiva mezquita y su primera ampliación, existiendo una gran variedad de épocas en los capiteles (12 de la época de augusto, 20 de emperadores romanos hispanos, 59 de la decadencia romana, 39 latinobizantinos, 2 cartagineses, etc.)
La actual Mezquita no se realizó en una sola fase, el templo musulmán fue ampliado en tres ocasiones distintas durante la dinastía Omeya. La primera fase la construyó el emir Abd al-Rahman I, teniendo posteriormente dos ampliaciones de la sala de oraciones, en dirección sur (Abd al-Rahman II y Alhakem II), y una tercera, con el califa Hixem I y su caudillo Almanzor, al este de las otras tres fases. El patio sufrió dos ampliaciones, una durante el gobierno de Abd al-Rahman III y otra con Hixem I, como consecuencia de la ampliación del liwan hacia el lado este.
Desde la conquista, dentro del que fuera templo islámico, los cristianos realizan varias obras para adaptarlo a templo católico, siendo la mayor transformación la creación del crucero catedralicio durante el siglo XVII. Es decir, la Catedral de Córdoba ocupa, desde 1236, el mismo edificio de la que fuera Mezquita Alhama desde el año 787 al 1236, 449 años.
Cuando iniciamos el recorrido por el que se considera el más importante de los edificios islámicos en Europa no pensemos que vamos a encontrarnos un edificio con un arte homogéneo, pues empezando que los materiales empleados en la primera fase eran procedentes de otros romanos y visigodos, los 449 años de uso islámico y los 781 al 2017 cristiano, hacen un aglomerado de casi dos años de arte, abarcando los estos arquitectónicos que pasaron por la ciudad.
