En el lateral oriental de la Mezquita, que corresponde en su totalidad a la ampliación de Almanzor, se encuentran trece capillas. En este muro abren cuatro puertas al exterior, que hacen de separación de las capillas y otras tres que lo hacen directamente a capillas.
La noche del 8 de agosto de 2025 se produjo un incendio en una capilla desmontada que, servía de almacén de maquinas de limpieza y sillas, que afectó a las capillas laterales, la de la Anunciación y la de Nuestra Señora de la Expectación. Gracias a los sistemas de alarma y a la extraordinaria reacción y actuación de los bomberos, los daños no fueron muchos. Los trabajos en la zona afectada se iniciaron al día siguiente.
El espacio nº 26 es la sacristía de la capilla del Sagrario, fue construida uniendo los espacios de tres antiguas capillas, las de “San Acisclo y Santa Victoria”, “de la Resurrección de Cristo” y “Santa Cruz de Jerusalén”. Aquí abre la puerta más meridional de la fachada de Almanzor, la «Puerta de Jerusalén».
Sobre la puerta que conduce al despacho del rector parroquial se halla colocado el escudo episcopal de Martín Fernández de Angulo, en recuerdo de que allí se hallaba antes la biblioteca capitular, levantada durante el pontificado de dicho obispo, a comienzos de XVI.
Existe una cripta situada debajo del altar, a la que no es posible acceder porque la entrada fue tapada y ocultada cuando se renovó el pavimento de toda la capilla. En la cripta yacen sepultados, sin que ningún epitafio o indicio lo señalen, tres obispos de Córdoba: Hernando de la Vega y Fonseca, fallecido en 1591, Jerónimo Ruiz Camargo (1632-1633), y Francisco de Alarcón y Covarrubias (1657-1675).
26 – Sacristía del Sagrario 27 – Sta. Mª Magdalena y Asunción
28 – Natividad de Nta. Sra. 29 – San José
30 – Antigua de Nta. Sra de la Concepción 31 – Espíritu Santo
32 – Nta. Sra. de la O. Expectación 33 – Ihesu Verde y S. Nicolás de Bari
34 – Sta. Marina y Baptisterio 35 – S Juan Bautista
36 – S Mateo y Limpia Concepción 37 – S Marcos, Sta. Ana, S Juan Bautista
38 – S Antonio de Padua
