La capilla número 45, de «San Miguel o de San Eulogio», se encuentra en la zona de la primitiva mezquita, la de Abd al-Rahman I, haciendo pared con la ampliación de Almanzor. Fue fundada en 1612 por el canónigo Don Andrés Chirinos de Morales. Esta advocación de una capilla también se repite, pues existe otra capilla, la número 9 , dedicada al Arcángel, en el lado occidental, actualmente desmontada, junto a la puerta del mismo nombre.
Las pilastras de la portada sustentan un frontón triangular partido, con la imagen de San Eulógio y el escudo del fundador.
Preside la capilla un retablo pictórico con la imagen del Arcángel San Miguel, obra del s. XVII, el Arcángel aparece en el Apocalipsis combatiendo al mando del ejército de ángeles contra Luzbel. En la tradición judía es uno de los siete ángeles que asisten ante el trono del Señor y en la cristiana es el jefe de la milicia celestial.
Completan el retablo otras ocho pinturas de distintos autores que representan al Salvador (s XIX), San Lorenzo y San Rafael (lado izquierdo), una Dolorosa (s XIX), San Esteban y San Gabriel (derecha), San Pedro y San Pablo en el ático, remata el conjunto una figura apostólica de autor desconocido y datada posiblemente del siglo XVII. Los seis cuadros de los laterales se pintaron en el envés de una gran Concepción realizada por Pablo de Céspedes, que fue troceada. También la pintura que representa a San Pedro y San Pablo en el banco se hace sobre otro lienzo que conserva restos de otra pintura más antigua en su parte posterior.
En el interior se puede ver un hermoso frontal de azulejos del siglo XVII, en el que se sitúa una Inmaculada.
En esta capilla podemos ver los dos pares de columnas que soportaban los arcos de acceso desde el Patio de los Naranjos al liwan, las más próximas a nosotros son las más antiguas, las de Abd al-Rahman I, mientras que las más alejadas pertenecen al muro levantado por Abd ab-Rahman III.
En esta calle de columnas se encuentran los restos de la pared oriental de la mezquita de Abd al-Rahman I, en la que se abrieron grandes arcos cuando se abrió la ampliación de Almanzor, en el lienzo entre estos arcos, con el dominio cristiano, se han instalado altares funerarios, como vimos, por ejemplo, en el “Cristo del Punto”, en la zona de al-Hakam II, en total hay once tramos del muro.
En esta zona se encuentran dos altares instalados sobre el antiguo muro, son los de San Cristóbal y Santa Bárbara.
