La capilla 41 se dedica a «las Animas del Purgatorio», se fundó en 1612 por el escritor e historiador don Gome Suárez de Figueroa (1539-1616), más conocido por su seudónimo “Inca Garcilaso de la Vega”, quien tiene aquí su enterramiento, motivo por el que se encuentra em la capilla la bandera del Perú, país donde él nació.
Está documentado que el 29 de octubre de 1612 “se dio un sitio para capilla i entierro en un arco hacia los Naranjos a Garcilaso Inga de la Vega”
La portada cuenta a los lados con basamentos de mármol negro que sustentan sendas pilastras; sobre ellas, hay un entablamento adornado con guirnaldas con una imagen de las ánimas en el centro.
La reja es de Gaspar Martínez (1614) y en ella se puede ver el escudo del Inca, con las armas de los Figueroa, Mendoza, Vargas y Sotomayor, en donde mezcla símbolos paternos con los peruanos maternos (sol, luna, serpiente coronada), símbolos de la dignidad imperial inca.
La capilla se cubre con una bóveda de cañón adornada con relieves, obra de Matías Conrado.
El sencillísimo retablo está compuesto por un Crucificado de madera tallado por Felipe Vázquez de Ureta, donado para la capilla por el Inca. Tras la escultura, hay un cuadro de Melchor de los Reyes en el que se representa una imaginada ciudad de Jerusalén. Remata el retablo un frontón triangular partido con un pequeño cuadro del Padre Eterno.
En los lienzos de los laterales se representan a “San Francisco de Paula visitando las Ánimas del Purgatorio” y la “Decapitación de Juan el Bautista”, obras de Agustín del Castillo en el año 1620
Sobre un mueble se encuentra una urna de cristal con restos humanos, pero éstos no son los del Inca, que se encuentran en la cripta.
En dos placas negras se encuentran textos alusivos al fundador de la capilla, pudiéndose leer:
“El Inca Garcilazo de la Vega, varón insigne, digno de perpetua memoria, ilustre en sangre, perito en letras, valiente en armas, hijo de Garcilazo de la Vega, de las casas de los duques de Feria e Infantado, y de Elisabet Palla, hermana de Huayna Capac, último Emperador de las Indias. Comentó la Florida, tradujo a León Hebreo y compuso los Comentarios Reales. Vivió en Córdoba con mucha religión. Murió ejemplar. Dotó esta capilla. Enterróse en ella. Vinculó sus bienes al sufragio de las Ánimas del Purgatorio. Son Patronos perpetuos los Señores Deán, y Cabildo de esta Santa Iglesia. Falleció a 22 de Abril de 1616. Rueguen a Dios por su ánima”.
En la cripta de esta capilla tienen enterramiento otros doce cadáveres, pues Garcilaso cedió la cripta para enterramiento de los prebendados e inquisidores que lo deseasen.
