En la página anterior recorrimos la nave del templo, quedándonos en el crucero, que es desde donde retomaremos el recorrido.
Llegamos al crucero, cubierto con una bóveda semiesférica construida en ladrillo y decorada con casetones, en su centro se abre una linterna. La cúpula se asienta sobre pechinas en las que se representa a los evangelistas, realizados en madera y sobre cuatro fuertes arcos torales de piedra.


En el lado derecho del crucero se encuentra el cancel de la puerta de acceso a la calle “Duque de Hornachuelos” y junto a él el altar de San Francisco Javier, nacido en la localidad navarra de Javier en el año 1506, misionero y miembro del grupo fundacional de la Compañía de Jesús, falleció en la isla de Shangchuan (China) en 1552. El autor del retablo es Francisco Ruiz de Paniagua (1686), es de estilo manierista, próximo al barroco. Posee un cuerpo central a modo de portada-marco adintelado, hecho en madera tallada y dorada, con dos columnas de jaspe negro de orden corintio, que sostienen un frontón triangular, decorado con una cartela con el anagrama de la virgen María, y en sus extremos pináculos terminados en bolas. Dentro del cuerpo principal se sitúa un sencillo y arquitectónico retablo, también de madera tallada y dorada, posee tres calles, cuerpo y ático, la calle central contiene una hornacina con la estatua de San Francisco Javier, realizada en madera tallada y policromada, en cada una de las calles laterales, tres figuras más pequeñas. En el ático una hornacina contiene la imagen de la Fe, procedente del conjunto de las virtudes teologales del retablo del altar mayor, obra de Pedro Duque Cornejo.

Junto al altar mayor se encuentra el retablo de San Juan de Ávila (Almodóvar del Campo 1500 – Montilla 1569), es obra de Teodosio Sánchez Rueda sobre 1725, su hornacina se encuentra tapada por un lienzo moderno de San Juan de Ávila; las placas de las calles laterales se decoran con el anagrama de la Compañía de Jesús. En el ático se encuentra una representación del cordero místico.
El retablo mayor está realizado en madera de cedro tallada y barnizada en tono oscuro, es también obra de Teodosio Sánchez Rueda, realizado entre 1721-1723. Desde la parte inferior vemos un sotabanco de mármol negro esculpido, sobre el que levanta un banco compuesto de numerosas ménsulas profusamente talladas con motivos vegetales, aquí hay dos esculturas, Santa Bárbara y San Joaquín. El cuerpo principal contiene un gran hueco central coronado por guirnaldas a modo de dosel, en él se encuentra un lienzo que representa a Domingo Manso, conocido como Domingo de Silos (La Rioja, 1000 – Silos 1073) fue un abad español de la orden de los benedictinos.

El ático se divide en tres calles, en la central una hornacina cobija una talla de “Jesucristo Divino Salvador”. Las pilastras del cuerpo principal soportan las imágenes de santa Catalina y San José, todo el grupo escultórico del retablo es obra de Pedro Duque Cornejo, autor del coro de la Catedral.


La verja de bronce del presbítero se colocó en una remodelación del año 1865.
En el brazo del Evangelio del crucero se encuentra un retablo gemelo al de San Juan de Ávila, éste dedicado a la Virgen del Pilar, lo preside una escultura de plata cincelada y repujada de esta Virgen, y el ático se decora con una gruesa corona vegetal, anagrama del Inmaculado Corazón de María.
Junto a este altar se abre la “Capilla de la Asunción” o “Capilla del Sagrario”, construida como capilla del colegio, siendo en su día independiente del templo, en el año 1853 cuando se elimina el hueco interior del retablo de San Ignacio y se abre el acceso a la capilla de Sagrario, eliminando las pinturas murales que decoraban el interior.


La portada de la capilla del Sagrario o de la Anunciación es el antiguo retablo de San Ignacio, realizado en 1641 por Lope de Medina Chirinos, similar al de San Francisco Javier, al otro lado del crucero. Se compone de un cuerpo central a modo de portada-marco adintelada, realizado en madera tallada y dorada, consta de dos columnas de jaspe negro de orden corintio y fuste liso, sobre un alto podio, sobre el que se sitúa un entablamento y por encima un frontón triangular, decorado en su parte interna con una cartela con el anagrama de la Compañía de Jesús, y en sus extremos con pináculos terminados en bolas. El hueco adintelado ocupado por el antiguo retablo de San Ignacio es ahora el umbral de paso a la capilla de la Anunciación o del Sagrario.
El interior de la capilla del Sagrario presenta tres tramos de bóvedas, separadas por arcos fajones que descansan sobre ménsulas planas, el tramo central es una cúpula encamonada semicircular gallonada sobre pechinas y decorada con yeserías, mientras que los dos restantes se cubren con bóvedas de aristas. En este espacio se encuentra el retablo dedicado a San Ignacio de Loyola, en la calle central se encuentra una talla del jesuita, a los lados dos arcángeles. En el ático un relieve con la imagen de San Martín Tours partiendo su capa para compartirla con un pobre.
Tras la cabecera del templo se encuentra la “Sacristía Vieja”, realizada por Hurtado Izquierdo en 1732, es de planta rectangular, modulada en cuatro segmentos cubiertos con bóvedas, y decoradas con claves doradas. El espacio, muy amplio decora sus paramentos con pilastras y sobrias cornisas de yeserías, creando perfiles arquitectónicos, como vanos a imitación de ventanas. Estos vanos contienen óleos que narran las misiones jesuitas en India y China, así como un óleo del triunfo de la Compañía de Jesús. En el último tramo de la sala se ubica un lavabo de mármol de diferentes colores, esculpidos y embutidos, teniendo la pila forma de concha venera. Las cajoneras son del siglo XVIII realizadas en madera tallada y profusamente decorada con hojarascas.
La “Sacristía Nueva”, es del siglo XVIII, en un principio era un corredor que unía el claustro del colegio de Santa Catalina con la antigua Sacristía y el presbiterio del templo. Este corredor dejó de tener sentido y uso cuando en la apertura de la parroquia en 1782 se separa el uso del colegio del templo. Guarda numerosos objetos religiosos y litúrgicos de diversa índole como un cáliz de Damián de Castro, dos cristos de marfil del siglo XVII.
En este templo tiene su sede la “Hermandad de la Inmaculada Concepción y muy antigua Cofradía de Nuestro Señor Jesucristo del Santo Sepulcro y Nuestra Señora del Desconsuelo en su Soledad”, conocida como “Santo Sepulcro”, sus orígenes se remontan al último tercio del siglo XVI. Hasta la exclaustración de 1835 la cofradía del “Santo Sepulcro” se encontraba ligada a los carmelitas calzados quienes tenían mucho interés en la fundación de hermandades y en el fomento de devociones populares, pues suponía la incorporación de miles de personas a la actividad de la iglesia conventual y una importante fuente de recursos. Así durante la estancia del convento del Carmen de Puerta Nueva, en la ermita de la Vera Cruz se produce el nacimiento de la cofradía penitencial del Santo Sepulcro. Las primitivas reglas fueron aprobadas el 5 de marzo de 1573, aunque la cofradía ya se encontraba erigida con anterioridad.

La hermandad del Santo Sepulcro cobra un fuerte impulso a lo largo del último cuarto del siglo XVI y a lo largo del primer tercio del siglo XVII las hermandades de Nuestra Señora del Carmen y San Gregorio, establecidas en el templo conventual de Puerta Nueva están unidas a la del Sepulcro.
La incorporación del colegio de escribanos públicos a mediados del siglo XVIII resulta beneficiosa para la cofradía del Santo Sepulcro ya que contribuye a solucionar la precaria situación económica, pues desde ese momento el sostenimiento de la hermandad correrá a cargo de los escribanos que se ven obligados a reducir gastos. La estación de penitencia del Viernes Santo será el único acto religioso que celebrará la cofradía. La procesión se mantendrá a lo largo de las dos primeras décadas del siglo XIX, salvo en los años de la exclaustración de los carmelitas calzados por orden del gobierno de José I en 1810. Con el regreso de los frailes la situación se volverá a normalizar.

Las imágenes de la Cofradía del Santo Sepulcro, a raíz de la recuperación de la procesión por parte del Ayuntamiento a mediados del siglo XIX, son trasladadas, desde el Carmen de Puerta Nueva, a la parroquia del Salvador y Santo Domingo de Silos, donde los escribanos públicos daban culto a la titular de la hermandad de Nuestra Señora de la Concepción.
A comienzos del siglo XX tiene lugar la reorganización de la hermandad del Santo Sepulcro, cuyos miembros acompañan al paso del titular en la Semana Santa de 1910. La iniciativa partió del conde de Torres Cabrera, quien a través de las páginas del Diario Córdoba hizo un llamamiento a la nobleza local para restaurar esta centenaria cofradía.

Durante la II República hay intentos por parte de Juan Serrano Rosas de reorganizar la cofradía. El trabajo dará sus frutos en 1935, año en el que los miembros de la hermandad participan en la procesión del Santo Entierro. A partir de 1937 la cofradía adquiere una gran vitalidad.
La iniciativa de un grupo de jóvenes estudiantes posibilita la reorganización de la cofradía en marzo de 1973, siendo aprobados sus estatutos en ese mismo año. En el año 1995, “Nuestra Señora del Desconsuelo en su Soledad” realiza su primera salida procesional, presentándose en un paso hasta entonces inédito en nuestra ciudad, con dos figuras más, San Juan y María Magdalena.



