Con la abolición del Tribunal de la Inquisición por parte de las Cortes Constituyentes de Cádiz, en 1812, el Alcázar pasaría a ser Cárcel Municipal. Este cambio de uso llevó a una remodelación del edificio, que se realizó en 1820, en ella se cegaron los arcos del patio Mudéjar para nuevos calabozos. En 1931, durante la Segunda República, fue declarado Monumento Histórico y pasó a transformase en cuartel del ejército. Tras la Guerra Civil fue utilizada como prisión provincial hasta la creación de la cárcel de Fátima en el año 1941, quedando el Alcázar para uso de la administración militar. La prisión del barrio de “Fátima”, perdería su uso en el año 2000, tras la construcción del Centro Penitenciario de la carretera de Madrid.
La primera prisión pública que se conoce en Córdoba, tras la toma de los cristianos en 1236, se encontraba en la calle “Velázquez Bosco”, denominada del rey o del Concejo, que perduró hasta el siglo XVI. Durante la Edad Media y la Edad Moderna también se utilizaron como prisiones los edificios más altos y sólidos de las ciudades; tales como fortalezas, conventos, monasterios o torres. Tras la toma de Granada, el Alcázar de los Reyes Cristianos perdería su función, por lo que fue cedido por la reina Isabel I a la “Santa Inquisición”. Así pues, el edificio más emblemático del poder cordobés se convirtió en la Sede de la Inquisición en la ciudad y, por lo tanto, en la cárcel de esta institución religiosa. Desde un primer momento, el edificio estuvo siempre en obras, levantando y derribando celdas para modificar el aforo de prisioneros. Durante el primer siglo de su existencia, las condiciones de salubridad fueron pésimas; mejorando de manera relativa a partir de 1640. De todos modos, esta prisión actuaba sólo como preventiva, porque un reo era condenado pasaba a la jurisdicción civil, para que ésta ejecutara la pena, no la Iglesia, la prisión civil solía tener mejores condiciones de habitabilidad que la de la Inquisición. Los presos ya condenados por la Inquisición a penas de prisión eran trasladados a la cárcel que existía en la actual calle “Corregidor Luis de la Cerda”, edificio identificado en el año 2021.
Hubo varios edificios que funcionaron como prisión en la ciudad, como la Torre de la Calahorra, que a comienzos del siglo XVI fue usada como presidio para ciertos nobles que se alzaron contra el rey Fernando “El Católico”; y más tarde, en distintas ocasiones usada como cárcel por la Inquisición cuando el Alcázar se llenaba. En 1820, y de acuerdo con el Reglamento General de Cárceles de 1818, se habilitó el convento de los Padres Trinitarios Descalzos de Santa María de Gracia, como centro penitenciario hasta 1843. Desde 1840 los presos limpiaban calles, plazas y zonas de extramuros; abrían zanjas, plantaban árboles o rosales, empedraban calles o caminos y limpiaban arroyos. Por ejemplo, fueron obras de relevancia realizadas por presos el Murallón de la Ribera o la carretera de Granada.
