Tras la conquista de Granada el Alcázar pierde su función de residencia real, pasando el edificio a ser la sede de la Inquisición
La Inquisición en la corona de Castilla fue creada en 1478 por bula papal de Sixto IV a petición de la reina Isabel I, con fin de combatir y frenar las prácticas judaizantes de los conversos españoles. Dependía directamente de la monarquía a diferencia de la inquisición medieval europea. Fue implantada en todos los reinos de España incluidos Sicilia y Cerdeña que por entonces pertenecían al reino de Aragón. Tras el descubrimiento de América se llevó a los territorios españoles del Nuevo Mundo. La única institución común para todos los españoles con excepción de la Corona fue la Inquisición, que fue utilizada como un instrumento más del poder real. El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, en un principio, limitó su actividad a las diócesis de Sevilla y Córdoba, donde Alonso de Ojeda había detectado el foco de conversos judaizantes.
Tras la conquista de Granada y el consiguiente abandono del Alcázar como residencia real, los Reyes Católicos ceden el edificio al Tribunal del Santo Oficio, convirtiéndose en su sede. El Santo Tribunal estable en Córdoba su segundo tribunal, sería el año 1482.
Alcázar de los Reyes Cristianos, actualmente en el museo de Bellas Artes de Córdoba
El periodo de mayor e intensa represión se produce con el inquisidor Diego Rodríguez Lucero, entre 1499 y 1506, con sus obsesivas pesquisas para identificar quiénes eran los conversos judaizantes. Desde su nombramiento, “Lucero el Tenebroso” sometió a los cordobeses al miedo con una gran represión. En diciembre de 1504 celebra un “auto de fe” en el que quemó a ciento siete personas. Su intransigencia religiosa le llevó a procesar a fray Hernando de Talavera, antiguo confesor de la reina Isabel, por judaizante, ya que fray Hernando no aceptaba la distinción entre cristianos nuevos y viejos. Mandó derribar numerosas casas en Córdoba, con el pretexto de que eran sinagogas ocultas y hubo numerosos condenados en nuevos autos de fe. Algunos nobles y los cabildos se dirigieron al rey Fernando, regente de Castilla, pero sin éxito, llegando a apelar al papa Julio II.
En1506 varios nobles como el conde de Cabra y el marqués de Priego, que no apoyaban al inquisidor, instigaron al pueblo a rebelarse. El 9 de noviembre de ese año los cordobeses asaltaron el Alcázar, sede de la Inquisición, para liberar a más de 400 presos que esperaban juicio y linchar a Lucero. El inquisidor huyó por la puerta de atrás del Alcázar para salvar su vida. La llegada de Cisneros al cargo de inquisidor general hizo que se abriera una investigación, cuyo resultado fue la desautorización de Lucero y la reparación de algunos de los daños causados. Lucero sería nombrado canónigo de la catedral de Sevilla.
Los autos de fe se solían celebrar en la Plaza de la Corredera y las ejecuciones en el Quemadero del Marrubial, en donde no solamente se quemaban a personas, cuando los condenados habían huido o muerto, se les sustituía por un madero con su nombre, el fuego debía santificar su nombre.
En 1812 las Cortes de Cádiz disuelven el «Santo Tribunal» por lo que el Alcázar deja su función, siendo ocupado por las tropas francesas. En marzo de 1821 el edificio pasa a propiedad municipal y en él se instala la cárcel hasta el año 1931, época a la que se le atribuyen grandes daños en su arquitectura de origen. En ese mismo año el Alcázar será declarado Monumento Histórico Artístico. Con motivo de la Guerra Civil pasará a ser prisión militar. Al construirse un centro penitenciario en el barrio de Levante, el Alcázar regresará en 1955 al Ayuntamiento.
