El primer encuentro entre Colón y los Reyes Católicos se produce el 20 de enero de 1486, en Alcalá de Henares, donde expuso su proyecto de abrir una ruta por el Atlántico para llegar a las Indias Orientales. Para obtener esta audiencia, hizo uso de las influencias que le había proporcionado su amistad con el fraile de La Rábida Antonio Marchena, eminente astrónomo onubense y fiel defensor de sus teorías. Sin embargo, la defensa de su proyecto no despertó la curiosidad del rey Fernando y sí una nota de interés en Isabel. A pesar de ello, los Reyes estaban demasiado ocupados en la guerra con el reino de Granada y no prestaron mucha atención a las ocurrencias del marino
Dado que los monarcas pasaban largas temporadas en Córdoba, con motivo de la guerra con Granada, normalmente entre primavera y otoño, Colón decidió establecer su residencia en esta ciudad para poder estar más cerca de ellos a la hora de autorizarse una nueva audiencia con la corte. El segundo encuentro se produciría también en 1486, esta vez en el Alcázar de Córdoba, en esos días Colón se alojó en el Convento de la Merced, hoy sede de la Diputación Provincial, por su amistad con uno de los monjes. Durante estos años, dada su precariedad económica trabajó como mercader de libros de estampa y pintando y cartas de marear para venderlas a navegantes. Se tiene constancia escrita de que, al año siguiente, el tesorero de la reina Francisco González de Sevilla entregó a Colón 3.000 maravedíes en concepto de “Servicio a Sus Altezas”. En agosto del mismo año, también el tesorero entregó a Colón otros 4.000 maravedíes por el mismo concepto. Y en octubre otros 4.000 maravedíes. En 1488, Colón recibió otros 3.000 maravedíes.
En mayo de 1489, a instancias de la propia Reina, en Córdoba, se redactó una Real Cédula en la que pedía a las autoridades de todas las villas y lugares de Castilla y Aragón, ofrecieran a Colón alojamiento en buenas posadas, que no fueran mesones, sin dineros, tanto a él como a los suyos. Con una multa de 10.000 maravedíes para quien contraviniere esta orden. Colón esperó hasta que la conquista de Granada estuviera finalizada y, después de ello, persuadió a los Reyes Católicos de aceptar su proyecto con el apoyo decidido de varios personajes clave de la corte castellana. El 17 de abril de 1492 se firmaron las Capitulaciones de Santa Fe.
No se sabe el tiempo que pasaría el marino en la ciudad, debió ser amplio, pues habiendo llegado viudo y con un hijo, aquí estableció relaciones con una joven de veinte años, Beatriz Enríquez de Arana, era huérfana de unos humildes agricultores de Santa María de Trasierra, vivía con unos parientes, trabajaba de tejedora, con 20 años conoció a Colón, ya viudo y mucho mayor que ella, vivieron una relación de amor de la que nació en 1488 Fernando, legitimado por su padre. Beatriz cuidó de él y de Diego, el otro hijo que Colón había tenido con su esposa, al regreso de su primer viaje, Cristóbal Colón se llevó con él a sus dos hijos, quedando Beatriz en Córdoba, no continuando la relación. A sus dos hijos los educará en la corte Castellana; Beatriz quedaría en Córdoba, a la que dotó de una paga, y en el testamento le otorgó una de las pagas vitalicias que los Reyes le habían concedido a él mismo (sumaba 10.000 maravedíes a cargo de las carnicerías de Córdoba). En ese sentido, Felipe Fernández-Armesto relata en su biografía del marinero que en una de las últimas notas de éste a su hijo Diego le decía que se preocupase por Beatriz y le pedía que “haya ella 10.000 maravedíes cada año allende de los otros 10.000 que tiene en las carnecerías de Córdoba”. Hernando, o Fernando, sería el biógrafo de su padre.
Cuadro de Rafael Romero de Torres, «Colón saliendo de la Mezquita con Beatriz», museo de Bellas Artes de Córdoba
En Córdoba realizaría varias amistades que le ayudarían en su empresa, como la del cordobés Diego de Arana, primo de Beatriz, a quien Colón le daría el mando del «Fuerte de Navidad», siendo la primera autoridad nombrada en el Nuevo Mundo. La unión de Colón con la ciudad de Córdoba lo demuestra la carta que éste remite al Cabildo y es leída el 22 de marzo de 1493 en la que explicaba su descubrimiento.
