Cristóbal Colón llegó a Córdoba en 1486 para presentar su proyecto a la reina de Castilla, en esos días se alojaría en el Convento de la Merced, hoy sede la Diputación Provincial, por su amistad con uno de los monjes. Regresaría dos años más tarde para celebrar la primera entrevista con los monarcas, gracias a la intervención del conde de Medinaceli. Los reyes nombraron una comisión para que estudiase el asunto. Como recuerdo de aquel encuentro en los jardines del Alcázar se alza un monumento con las tres figuras, obra el escultor Pablo Yusti, que se construyó en la segunda mitad del siglo XX. Las negociaciones no finalizarían has las Capitulaciones de Santa, que puso fin a la guerra con Granada.
No se sabe el tiempo que pasaría el marino en la ciudad, debió ser amplio, pues habiendo llegado viudo y con un hijo, aquí estableció relaciones con una joven de veinte años, Beatriz Enríquez de Harana, con la que tendría su segundo hijo, Hernando, nacido en 1488.
Cuando Colón embarca hacia el Nuevo Mundo, dejaría a Beatriz a cargo de sus dos hijos, en 1493 pasaría por la ciudad camino de Barcelona a rendir cuentas a Fernando del éxito de su primer viaje a las Indias, recogerá a sus hijos quienes lo acompañaran y se educaran en la corte Castellana, quedando en Córdoba Beatriz, a la que dotó de una paga, y en el testamento le otorgó una de las pagas vitalicias que los Reyes le habían concedido a él mismo (sumaba 10.000 maravedíes a cargo de las carnicerías de Córdoba). En ese sentido, Felipe Fernández-Armesto relata en su biografía del marinero que en una de las últimas notas de éste a su hijo Diego le decía que se preocupase por Beatriz y le pedía que “haya ella 10.000 maravedíes cada año allende de los otros 10.000 que tiene en las carnecerías de Córdoba”.
En Córdoba realizaría grandes amistades que le ayudarían en su empresa, como la del cordobés Diego de Arana, a quien Colón le daría el mando del «Fuerte de Navidad», siendo la primera autoridad nombrada en el Nuevo Mundo. La unión de Colón con la ciudad de Córdoba lo demuestra la carta que éste remite al Cabildo y es leída el 22 de marzo de 1493 en la que explicaba su descubrimiento.
