La «Capilla del Bautismo» o de «Sta. Marina, S. Matías y Batipterio», tuvo su primera fundación en el año 1411, por el veinticuatro de Córdoba Don Fernán Gómez de Herrera, con la advocación de “San Matías”.
La capilla se cubre con un artesonado realizado por Velázquez Bosco a primeros del siglo XX.
En el interior se encuentra una pila barroca, cubierta con una tapa de madera muy labrada y coronada con una figura. Fue trasladada a esta capilla a finales del siglo XVII, como certifican una inscripción presente en la reja, cuando el obispo Don Alonso de Medina y Salizanes (1675-1685). construyó la capilla de Nta. Sra. de la Concepción (nº 5) en el lugar en el que hasta entonces había estado la capilla bautismal.
En el lateral derecho se encuentra un trampantojo de un retablo barroco (s. XVII), pintado al fresco, obra del pintor Pedro Ruiz Moreno. En la zona central, situada entre columnas (también pintadas) se representa al Padre Eterno recibiendo los versos que un etíope le recita a modo de homenaje; sobre este cuerpo, hay un segundo en donde se muestra un parque celestial, estando separado del primero por el verso 10 del Salmo 67 de la Biblia, que dice “Pluviam voluntariam segregabis Deus hereditati Tuae” (Apartarás, oh Dios, una lluvia voluntaria para tu heredad).
El ático que remata el conjunto está formado por dos ángeles que sujetan un escudo ovalado. Este retablo fingido fue mandado instalar por el obispo Marcelino Siuri en 1718 que coincide con un periodo de una intensa sequía, por lo que el autor representa a un personaje que, en la inscripción, pide a Dios que envíe la lluvia, en la parte alta representa a las deseadas nubes, y en la parte inferior hay una escena de los Hechos de los Apóstoles, cuando Juan Bautista bautiza a un negro en el desierto.
En la capilla se encuentran tres grandes ánforas de plata en las cuales se guardan los óleos de enfermos y catecúmenos bendecidos y consagrados por el obispo en la Misa Crismal.
En esta capilla se abre una de las puertas de la fachada este de la mezquita de Almanzor, la cual toma el nombre de la capilla, “Puerta del Baptisterio”.
