La capilla 47 es la de Santa María Magdalena, posee una portada abierta con un arco de medio punto, con pilastras acanaladas sustentadas sobre bases de mármol negro; en el frontón se encuentra una imagen de San Francisco (s. XVII). Esta capilla no se debe confundir con la número 27 “Santa María Magdalena y Asunción de Nuestra Señora”, instalada el el lateral oriental de la Mezquita-Catedral.
Esta capilla estuvo dedicada a “Nuestra Sra. del Mayor Dolor”, figura que hoy se encuentra en un altar en la zona de la ampliación de Almanzor.
Como complemento de la decoración, dos urnas de madera y cristal conservan restos humanos. Se guarda en esta capilla una pintura de la “Virgen de la Guía”, conocida como La Virgen peregrina de los Pedroches, siendo venerada por un total de cinco pueblos de esta comarca del norte de la provincia cordobesa: Villanueva del Duque, Alcaracejos, Hinojosa del Duque, Fuente la Lancha y Dos Torres, siendo Villanueva del Duque la que tiene el privilegio de contar con la ermita de la Virgen de Guía dentro de su término municipal, a menos de un kilómetro al Norte de la localidad.
Esta capilla ha sido fruto de varias reformas relativamente recientes, actualmente preside la capilla un cuadro de Santa Elena, el cual se encontraba en la que fuera capilla de “Santa Cruz de Jerusalén y Santa Elena”, que en la actualidad forma parte de la capilla del Sagrario. Tras su restauración se decidió trasladarlo a esta capilla que, sim embargo, no ha cambiado el nombre.
Santa Elena, madre del emperador Constantino, fue un personaje de capital importancia en la difusión del cristianismo. Junto al obispo Osio de Córdoba, debió influir en la política religiosa del emperador. Viajó a Tierra Santa en el año 326 en busca de las reliquias de la Pasión de Cristo, se hizo traer la “escalera santa”, conjunto de 28 escalones de mármol que, según la tradición cristiana, pertenecieron al palacio de Poncio Pilato en Jerusalén y que Jesucristo subió durante su Pasión. En el cuadro ella, vestida de ricos ropaje, abraza la Cruz, al fondo las tres cruces del Calvario, según la leyenda, un milagro hizo posible identificar cual de las cruces encontradas era la de Jesús.
El marco es una obra del siglo XVI.
En la calle de columnas en la que se encuentra la capilla podemos se encuentra el altar de Santa Cruz, se encuentra sobre uno de los pilares que Hernán Ruiz II construyó para los contrafuertes de la catedral. En 1625 es entregado este espacio al músico de la catedral Juan Chamizo Garrido para su enterramiento.
El altar actual es posterior, lo preside una cruz de piedra sin Cristo, en alusión a la Resurrección, se decora con pinturas de los patronos, Acisclo y Victoria, y por encima Nta. Sra. de Villaviciosa, antigua patrona de la ciudad. Corona el retablo el escudo del fundador, Juan Chamizo, flanqueado por dos ángeles.
Ante el altar se encuentra una lápida blanca con el mismo escudo que corona el frontón del altar, es de Chamizo Garrido y de su mujer, está fechada en 1627.
