Dedicada a la Purísima Concepción de la Virgen María, ésta es una de las mejores capillas privadas de la Catedral, la fundó el obispo Alonso de Salizanes y Medina (1675-1685), para albergar su enterramiento. Anteriormente este espacio era ocupado por el Baptisterio (capilla del Bautismo). En una bula de 1760 el papa Clemente XIII, declaró a la Purísima Concepción Patrona de España.
La capilla se inauguró el 2 de diciembre de 1682, según una inscripción en la cúpula anterior a la capilla, espacio este que se abre mediante un gran arco de piedra decorado con puntas de diamante, tras él una cúpula de media naranja adornada con pinturas que se atribuyen a Juan de Alfaros (1643-1680), donde se representa la Gloria, presidida por el Espíritu Santo, con ángeles sosteniendo símbolos marianos. En las pechinas, los cuatro Evangelistas, en los laterales, ventanas ovales y las representaciones de San Francisco de Asís y San Antonio de Padua.
La portada de la capilla es de mármol rojo de Cabra, con un arco de medio punto sobre el que se instala una imagen en piedra de la Concepción, a sus lados los escudos los escudos de la orden franciscana y del obispo fundador. El arco se cierra con una reja firmada en el cerrojo por Pedro de León en 1682.
El interior es de una gran riqueza, destacando la cúpula con decoración radial. En el retablo de mármol se sitúan las imágenes de la Purísima Concepción, San José y Santa Ana, realizadas por el escultor granadino Pedro de Mena (1628-1688).
En los laterales de la capilla se encuentran las estatuas orantes del obispo fray Alonso de Salizanes y Medina y la de su sobrino, el canónigo Medina y Requejo.
Bajo el suelo de la capilla se encuentra la cripta en la que reciben sepultura, además del fundador, los obispos Juan Alfonso de Alburquerque (siglo XIX), José Pozuelo y Herrero, Adolfo Pérez Muñoz y Manuel Fernández Conde (obispos, éstos, del s. XX). También reciben sepultura tres arcedianos de la comarca cordobesa de los Pedroches, como el citado sobrino del fundador y el fundador del Monte de Piedad de Córdoba (antecesora de Cajasur), José Medina y Corella.
En el interior, a la izquierda, una puerta da acceso a la sacristía de la capilla, en donde se encuentra un retrato del obispo Medina, realizado por el cordobés Juan de Alfaro, que fuera discípulo de Velázquez. Sobre ella cuelga un cuadro de 1645 realizado por Antonio del Castillo representando a San Pelagio, el joven gallego martirizado en Córdoba(1645), nos separa de la capilla de San Antón.
Altar de la Virgen del Pilar
Se conoce la existencia de un altar dedicado a la “Virgen del Pilar” desde 1345, gracias a un escrito por el que el cabildo concede dos sepulturas ante el pilar grande junto al altar “de Santa María del Pilar”. Se desconoce si la advocación de este altar la poseía por la imagen de Zaragoza, o por estar sobre un pilar. Este altar a lo largo de la historia sufrió varias reformas, así en 1734, cuando el arcediano de pedroche y canónigo don Juan Francisco Medina y Requejo, natural de Teruel, sobrino del obispo Medina y enterrado en la capilla de la Concepción, trajo de Zaragoza una imagen de la Virgen del Pilar que se puso en este altar sobre un nuevo retablo barroco de madera tallada y dorada, en forma de óvalo, donde en el tercio inferior se encuentra una hornacina con la imagen de la Virgen. Se representa a Santiago, arrodillado, al que se le aparece la Virgen en el cielo.
Altar de Santa Elena y Santa Cecilia
El altar se situaba en uno de los pilares de la qibla de la primera mezquita, que se encuentra revestido, con la construcción de la catedral del siglo XVI, se sustituye dicho pilar por un contrafuerte para el coro. Hernán Ruiz diseña un contrafuerte muy decorado con una hornacina para volver a instalar un altar dedicado a Santa Elena.
La pintura actual puede ser de 1605, fecha cuando se hace el pago del altar, en ella se representan a Santa Elena en el centro, a la derecha Santa Celia y Santa Apolonia.
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