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Actualmente (año 2026), las colecciones principales del museo se encuentran en el edifico de la ampliación, el cual fue inaugurado el 31 de enero de 2011.
Del texto “Museo Arqueológico de Córdoba: un relato que continúa (o 150 años no son nada)” de M.ª Dolores Baena Alcántara, directora del museo, sacamos la siguiente información:
«En 1844, las piezas arqueológicas procedentes de las desamortizaciones de los conventos cordobeses y de la reunión de antiguas colecciones de la ciudad se custodian en el Museo Provincial de Bellas Artes, formando la “Colección de Antigüedades”, más tarde denominada “Sección de Antigüedades. El Museo de Bellas Artes sufrirá diversos traslados y con él la colección de piezas arqueológicas, la primera sede fue el Colegio de la Asunción; en 1849 se trasladó a la Diputación Provincial y en 1862 pasa al Hospital de la Caridad, donde continua en la actualidad. Durante la convivencia de los dos Museos en un mismo espacio, aunque con “consignaciones independientes”, distintos directores del Museo de Bellas Artes como Diego Monroy, José Salo y Rafael Romero Barros contribuyeron de forma activa al incremento de la “Colección de Antigüedades”: Romero Barros hizo participar al Museo en la Exposición de Paris de 1878.
El hallazgo de diversas piezas, entre ellas varias íberas, procedentes de Fuente Tójar y Almedinilla van a representar un papel imprescindible en la creación del museo, pues es un hecho distintivo que el origen de su creación está en relación con dos expediciones arqueológicas realizadas en 1866 y 1867 por el conservador del Museo de Antigüedades Luis Maraver y Alfaro.
La propuesta de creación de un museo arqueológico había sido presentada en 1866 a la Comisión Provincial de Monumentos por Maraver. Dicha Comisión decide dirigirse a personas de diferentes poblaciones de la provincia para que enviaran piezas arqueológicas que tuvieran o pudieran comprar de cara a incrementar las colecciones del futuro museo. Un Decreto de Marzo de 1867 crea los museos arqueológicos provinciales, aunque en el caso de Córdoba continuara junto al de Bellas Artes.
El año 1867 el Sr. Maraver denunció nuevamente la inseguridad en que se hallaban las antigüedades por falta de vitrinas, de portero y de local adecuado, consecuente en sus propósitos, intento en 1868 adquirir para Museo Arqueológico el Oratorio de San Felipe, pero no consiguió que la Comandancia Militar que lo ocupaba, fuese trasladada al Convento de la Concepción, ni al de las Dueñas.
En 1881 es nombrado conservador-director del Arqueológico Rafael Romero Barros, que también era director del Museo de Bellas Artes, cargos que ocupó hasta su fallecimiento. Le sucede su hijo, Enrique Romero de Torres, arqueólogo y secretario de la Comisión de Monumentos, quien intenta la compra de la colección arqueológica de Villaceballos, la más importante desde el siglo XVI en esta ciudad, aunque finalmente fue vendida al marqués de Casa-Loring, y se encuentra hoy en Málaga.
En el año 1917 se alquila, para sede del museo, la casa numero 4 de la plaza de San Juan, pero el espacio de esa casa era insuficiente, por lo que en 1925 se traslada a la calle Samuel de los Santos y Gener (actual edificio de Casa Árabe). Samuel de los Santos Gener fue una clave en la investigación arqueológica de Córdoba e imprescindible en la historia de este Museo, en 1926 es nombrado director titular del Museo hasta su jubilación en 1958.
El periodo que abarca la dirección de Samuel de los Santos será uno de los de mayor incremento de la colección con 10.000 piezas registradas. Él será quien elegirá la actual sede del Museo y planificará su distribución dentro del concepto que hoy tenemos de Programa Museológico, junto al arquitecto Félix Hernández llegaron a examinar unos veinte edificios entre 1940 y 1941, eligiendo finalmente la casa de la plaza de Jerónimo Páez, convertido en esas fechas en casa de vecinos, el Estado la adquirió en 1942.
La Orden del Ministerio de Educación Nacional, de 23 de diciembre de 1944, autoriza la adaptación del palacio para Museo, las obras las dirigirá Félix Hernández entre 1945 y 1959.
En 1947, al vaciar de tierra un pequeño patio, se descubre el graderío de época romana, actualmente conservado en el Patio III. Este graderío fue interpretado por Samuel de los Santos como parte del teatro romano.
En septiembre de 1959 gana la oposición a la plaza de la dirección del Museo Arqueológico Provincial de Córdoba, Ana Mª Vicent Zaragoza, al que dedicó su vida profesional hasta su jubilación en 1987, será la encargada de finalizar la instalación del Museo y su inauguración. Durante su dirección las colecciones se incrementaron de forma considerable, en cantidad y calidad, siendo considerado como uno de los Museos Arqueológicos más completos de España, a la vez que era una de las instituciones culturales más importantes de la ciudad.
Ana Mª Vicent crea el SIAUCO, Servicio de Investigación de la Arqueología Urbana de Córdoba, con un equipo de conservador, restaurador, dibujante y ayudante, realizando el Museo, entre 1962 y 1988, un gran número de excavaciones y prospecciones en la provincia y en solares urbanos, motivando la renovación radical del panorama arqueológico de Córdoba, por entonces ningún museo organizaba excavaciones, pues no era un cometido asignado.
Con el crecimiento de colecciones y aumento de funciones, se empieza a plantear un proyecto museográfico dedicado a ampliar el Museo. Con el fin de ampliar el museo propuso la adquisición por el Estado de las casas colindantes, con el fin, también, de excavar en busca del teatro, actualmente esta zona es el nuevo edificio del museo y en su sótano se conservan restos del teatro romano de Colonia Patricia. Las nuevas instalaciones fueron inauguradas en el año 2011.
