La capilla más occidental en el muro sur es la número trece, «San Esteban y San Bartolomé», fue construida en el siglo XIII, pero no es hasta el 1330 que se conocen datos de ella, como el enterramiento de Martín Muñoz, uno de los primeros repobladores de Córdoba, alcalde de la ciudad en 1264. Desde el año 1490 el patronato de esta capilla, ya con el título de San Bartolomé, pertenece a la familia Góngora, cuyo escudo se encuentra en un lienzo sobre la reja de entrada, descendientes de la familia Góngora fue Juan Francisco Ximénez de Góngora y Castillejo, I marqués del Almodóvar del Río, desde 1667, que pasaría a ser ducado en 1780.
Desde el punto de vista artístico la capilla no tiene elementos destacables, pues la pintura del «Martirio de San Bartolomé» es una copia de un autor local del siglo XVII inspirada en el grabado de José de Ribera.
Los azulejos de la mesa de altar y los laterales son de fines del siglo XV.
En 1718 se reformó la cubierta de la capilla instalando una bóveda y lucernario barrocos. En 1985 se derriban las capillas laterales para poner en valor las arquerías de la qibla. El lienzo del Martirio de San Bartolomé es una copia de un maestro local del XVII de un original de José de Rivera.
En el año 1857, don Joaquín Fernández de Córdoba y Pulido solicita permiso al Cabildo para exhumar los restos del poeta don Luis de Góngora y Argote, fallecido en 1627. Al año siguiente, los restos se colocarían en el muro occidental en cajas de plomo y madera, y sobre ellos se puso una extensa inscripción latina en mármol blanco.
Al liberar las arquerías laterales de cerramiento, la lápida se colocó a la derecha del altar y los restos en el interior de una urna de mármol en 1993. Todos los 28 de mayo se conmemora en esta capilla el día del fallecimiento del poeta del Siglo de Oro.
Destaca en esta capilla las figuras zoomorfas islámicas, en el muro de la quibla, junto a la placa de mármol, representan una a una gacela y un águila con decoración del tipo de la cerámica verde y manganeso califal. Simbolizan poder religioso y también se encontraban en estandartes militares. Fueron descubiertas en el año 1999.
Si observamos el plano del siglo XVIII, en la esquina donde hoy se encuentran los aseos públicos, vemos que se encontraban unas dependencias «Cabeza de Rentas», era la «Oficina de Cabeza de Rentas Decimales», la institución o tribunal interno encargado de la administración, recaudación, custodia y pleitos de los diezmos.
