En el espacio entre la capilla de San Bartolomé y la maxura y el mihrab, se encuentra un espacio abierto al haberse desmontado la capilla de «San Felipe y Santiago», que fue fundada en 1258 por Domingo Muñoz el Adalid de Córdoba, origen de los los Fernández de Córdoba. A esta familia, a fines del siglo XIV se les otorgó el patronato de la capilla mayor de la iglesia colegial de San Hipólito, lo que hace que perdiesen el interés por esta capilla. La capilla ocupa dos líneas de columnas.
La capilla se cerraba con sillares donde se abría una puerta gótica con reja, bajo dos ajimeces, este cerramiento fue eliminado durante los trabajos Félix Hernández sobre 1930. De la capilla de «San Felipe y Santiago» podemos ver cuatro arcosolios en la pared de la qibla decorados en estilo mudéjar, de finales del XIV, y la cubierta, de un siglo más tarde, dos bóvedas ojivales estrelladas.
El altar se encontraba en el muro oriental, su retablo era de yeso con pinturas de Antonio del Castillo que representa a la Purísima Concepción con los apóstoles titulares de la capilla, realizadas sobre 1660, hoy situado, desde principios de siglo, frente a la entrada de la capilla de San Pedro Mártir y San Lorenzo.
La capilla se cubre con dos bóvedas estrelladas de estilo gótico.
En el año 2012, con motivo de la declaración de San Juan de Ávila como Doctor de la Iglesia, se decidió dedicarle este espacio. El año 1535 vendría a Córdoba, llamado por el obispo Álvarez de Toledo, para organizar las predicaciones por los pueblos andaluces, principalmente en la provincia de Córdoba; fallecería el 10 de mayo de 1569 en la localidad cordobesa de Montilla, en donde está enterrado. La escultura, obra del imaginero cordobés Antonio Bernal, se instaló en este lugar el año 2013.
En esta capilla se encuentra el facistol del coro, en donde se ponían los libros de canto. Al igual que el resto del coro es obra de Duque Cornejo
En este lugar se expone el facistol del coro (atril de gran tamaño, en donde se ponían los libros de canto), realizado también por Duque Cornejo, junto con la sillería. Tras la pared de fondo de estas capillas corría el sabbat, pasillo utilizado por el califa para acceder desde el palacio hasta la Maxura.
