Bajo el patio, en la zona correspondiente a la ampliación de Almanzor (la más oriental) se encuentra un gran aljibe cuya construcción se remonta al siglo X, cuando este caudillo decide ampliar la mezquita.
Su finalidad era almacenar el agua de lluvia que desde los tejados caen a los canales, sobre las arcadas, que a modo de acueductos la llevan al depósito.
El aljibe posee una planta cuadrada de 14,5 m. de lado y una profundidad de seis metros y un espesor del techo de dos metros; se divide en nueve sectores cubiertos, cada uno, con bóvedas que descansan en arcos de medio punto; los sillares de sus pilares se revisten de estuco pintado a la almagra, para darle la impermeabilidad necesaria. Su capacidad es de 360 m3, se abastecía del agua de lluvia recogida por las cubiertas del liwan y del riwat.
