San Pelagio (o Pelayo) era gallego, sobrino del obispo de Tuy (Pontevedra), el año 920 acompañaba al obispo y a la corte del rey de León en apoyo del reino de Pamplona, que estaba siendo atacado por las tropas de Abd al-Rahmán III. Tío y sobrino fueron apresados y tras tres años de cautiverio el obispo fue liberado, pero Pelayo quedó como rehén, dada su condición social no fue esclavizado, sino que se le dotó de ciertos privilegios.
Hay dos versiones sobre el motivo de su martirio, uno que se negó a renunciar al cristianismo y acogerse al islam, el otro cuenta que Abd al-Rahmán III le requirió relaciones sexuales, prometiéndole riquezas y honores si renunciaba a la fe cristiana y accedía a las proposiciones del califa, a los que se negó, por ello el emir ordenaría su muerte y descuartizamiento. Los mozárabes cordobeses recogerían sus restos y lo venerarían, recibiendo sepultura en el cementerio de San Ginés, y su cabeza en el de San Cipriano, siendo considerado mártir por la fe y la pureza. En el año 967, bajo el reinado de Ramiro III, los restos mortales de San Pelayo fueron depositados en el monasterio dedicado al santo en León, fundado por Sancho I. Entre 984 y 999 su cuerpo se trasladó a Oviedo, siendo finalmente depositado en el monasterio de las monjas benedictinas de San Pelayo de aquella ciudad. Un hueso de uno de sus brazos se venera desde antiguo en el monasterio de monjas benedictinas de San Pelayo de Antealtares de Santiago de Compostela.
Tras lo dispuesto en el concilio de Trento, finalizado en 1563, el obispo Antonio Mauricio de Pazos y Figueroa (1582-1586), nacido en Galicia, fundará el Seminario dedicándoselo a San Pelagio, en los terrenos que la tradición marca como la zona donde fue martirizado. Del edificio del siglo XVI ya nada queda, pues el Seminario fue profundamente reformado durante los siglos XVII y XVIII. El obispo Francisco de Reinoso (1597-1601) amplió el edificio y reformó su normativa. En 1740 se realizó la segunda ampliación, a la que pertenece parte de la fachada y en 1776 se levantan la crujía más interior y la capilla. La escalera es obra de Miguel Verdiguier (Marsella, 1706 – Córdoba,1796), levantada sobre una caja rectangular y realizada con mármoles negros, el adorno se hace con guirnaldas de yesería y el escudo del obispo fundador, Mauricio de Pozos.
La fachada es del silo XVIII posee tres plantas y se decora únicamente con una portada de piedra del mismo siglo en su frontón curvo se encuentra un relieve que representa el martirio de San Pelagio.
La capilla principal es de planta rectangular, de tres naves, siendo la central más ancha, el presbítero se cubre con un casquete semicircular que sirve de arranque a la bóveda de cañón que cubre la nave a la que se abren tribunas a ambos lados; la decoración se inicia con una entrada de doble columnas de mármol blanco sobre bases negras con adornos rojos, estando el resto de la nave adornado con yeserías, el retablo procede del «Oratorio del Caballero de Gracia» (calle «Encarnación»), fue realizado por Pedro Duque Cornejo en 1750, lo preside un cuadro de la Inmaculada del siglo XVII; este retablo sustituyó al primitivo realizado por Drevetón en mármol rojo y blanco. Tiene otros dos altares, dedicados a San Eulogio y San Acisclo y Santa Victoria. En la capilla reposa desde 1798 una reliquia de San Pelagio que se trajo desde Oviedo.
Durante el siglo XIX se realizan varias intervenciones, así en 1853 se incorporaría el edificio que había sido Hospital de Ahogados y en 1864 se le anexiona un terreno que en su día pertenecía a la Inquisición, con vistas al río sobre la muralla de la ciudad.
El primitivo edificio era muy reducido, siendo capaz solamente de dar alojamiento a un reducido número de estudiantes, que para recibir sus clases debían desplazarse al colegio de Santa Catalina, que los jesuitas tenían en la plaza de la Compañía.
El cardenal y obispo de Córdoba don fray Pedro de Salazar (1686-1706), con el fin de que los seminaristas dejasen de tener que trasladarse al colegio de Santa Catalina, fundó varias cátedras dentro del Seminario, que posteriormente se irían ampliando. El obispo Fray Zeferino González (1875-1883) crearía un colegio anexo al seminario para los jóvenes aspirantes que carecían de medios económicos.
En diciembre de 1975, en la parte más próxima al Alcázar, hoy “Casa Sacerdotal”, se instaló la Escuela Universitaria de Profesorado “Sagrado Corazón”, fundada en 1964, como escuela de Magisterio en la localidad de Priego de Córdoba por los Salesianos. Con el paso a universitarios de los estudios de magisterio se traslada a la capital cordobesa. Su primer curso sería 1973-74, iniciando sus clases en el colegio Salesiano de la calle María Auxiliadora, hasta su traslado a este lugar. El curso 2006/2007 se trasladó a su sede actual en la “Huerta de la Reina”, en el edificio construido para “Hospital infantil del Santo Ángel”.
En el año 1999 se instalaría la Biblioteca Diocesana, con unos fondos de más de 160.000 volúmenes, 40.000 pertenecen a fondos antiguos. Hay unos 5.000 ejemplares de fondo semítico, en árabe y hebreo. Los principios de esta Biblioteca datan del S. XVI con la creación del Archivo Diocesano en el año 1521., el cual hasta el S. XVIII sería de carácter privado del Obispo. Será con Carlos III cuando recibe la consideración de biblioteca pública a raíz de la expulsión de los jesuitas en 1767 y la promulgación de la Real Cédula de 17 de febrero de 1771.
Este edificio ha sido seminario desde su fundación, pero con motivo de la invasión francesa (1808-1814) el seminario permaneció cerrado durante varios años, sirviendo de parque de artillería. Con la Guerra Civil española (1936-1939) el edificio es transformado primero en cuartel del tercio de Requetés de Córdoba y después en hospital de sangre. En el mes de agosto de 1936 recibiría el impacto de una bomba durante un ataque aéreo.
Durante unas obras de ampliación del Seminario en 1857, en la zona oeste, aparecieron restos califales, entre ellos un pequeño fragmento de mármol blanco datado en la segunda mitad del siglo X con una inscripción en relieve con caracteres cúficos, donde se leía: «… Sobre ella… con ella», una inscripción funeraria. Esto hace suponer que esta sería la zona de la rawda o cementerio del palacio. Se supone que, tras la llegada de almohades y almogávares, las tumbas serían expoliadas y poco dejarían de ellas.
