Junto a la Capilla Real y también en zona de Al-Hakan II, se encuentra la Capilla Mayor del siglo XV o Capilla Villaviciosa. La primera misa cristiana que se celebra en la Mezquita se celebró el mismo día que entraron las tropas de Fernando III en la ciudad, 29 de junio de 1236, se celebrará tomando como presbítero el lucernario de al-Hakam II.
No se transformará el templo islámico hasta que el obispo Íñigo Manrique (1486-1496) solicitará a la reina Isabel I, que pasaba largas temporadas en Córdoba con motivos de la guerra con Granada, la construcción de una catedral en el interior de la Mezquita, la reina deniega el permiso para derribar una amplia parte de la Mezquita, si bien autorizaría hacer un derribo mínimo.
El nuevo espacio cristiano, dentro del templo islámico, continuará utilizando el lucernario como cubierta del altar mayor, y ante él se levantará una amplia y alta, nave gótica que ocupará la parte oeste de los tres primeros tramos de la ampliación del califa Al-Hakan. Es un espacio de planta basilical cuyo alzado se estructura a través de pilares y arcos fajones apuntados sobre los que abren ventanas con vidrieras góticas.
La nave se cubre con un techo único en Córdoba, una armadura de madera a dos aguas, un techo de madera con casetones con motivos pictóricos que representan tanto decoración vegetal como inscripciones latinas y griegas que hacen referencia a “Jesús el Salvador”. Con la llegada del barroco, el templo se llenará de bóvedas de yeso que taparían los artesonaos originales y también este cristiano, que será descubierto por el arquitecto Velázquez Bosco quien, en el siglo XX, lo recupera. Cuando se construye esta cubierta, en la ciudad se estaba utilizando los artesonados estrellados.
Sobre la pared que separa esta capilla de la “Real”, se instaló en el siglo XVIII un retablo que actualmente se encuentra en el convento de “Jesús Crucificado”, en la calle “Leiva Aguilar”. Para cerrar el presbítero por el lado norte, hacia el Patio de los Naranjos, se instalaron dos grandes cuadros, mirando al norte un gran San Rafael, que hoy se expone en la capilla se San Agustín, del que se puede observar su forma, que se adapta al arco; mirando al presbítero se puso otro gran cuadro que representa a San Fernando con la Virgen de Villaviciosa, que se encuentra junto a la puerta de San Miguel, en el mismo muro.
La ornamentación del fondo del altar se hizo a fines del siglo XIII, tapando y enfoscando las arcadas entrecruzadas del costado oriental del lucernario, utilizado como presbiterio, decorándose con pinturas al fresco de estilo italogótico todo el frontal. Solamente se ha conservado un gran rostro de Jesucristo que se salvó de la destrucción de 1879, se encuentra en el Museo de Bellas Artes.
La entrada a esta nave, desde la calle Torrijos, se hacía por la Puerta del Espíritu Santo. Los pies de la nave se cierran con una arcada islámica de tres arcos y sobre ella un rosetón con vidrieras y decoración floral.
En este lugar fue bautizada doña María, hija de los Reyes Católicos, nacida en el Alcázar de los Reyes Cristianos, durante la estancia de estos en Córdoba.
En esta Capilla Mayor sería instalado el día 1 de febrero de 1516 el cuerpo del rey Fernando “el Católico” para celebrar sus honras fúnebres, continuando el camino para ser enterrado en Granada.
A su suelo se trasladaron a inicios del siglo XX, desde otros puntos de la catedral, una gran cantidad de lápidas, destacando la del obispo Manrique. Estas lápidas reciben el nombre de “laudes”, por ser loas a la memoria del difunto.
Actualmente la pequeña imagen de la Virgen de Villaviciosa se encuentra en el altar mayor de la catedral renacentista. La Virgen de Villaviciosase venera en Córdoba desde el siglo XV, la tradición cuenta que la imagen de la Virgen fue localizada por primera vez en la localidad portuguesa de Vila Vicosa, próxima a Badajoz, cuando los trabajadores de una viña localizaron enterrada una caja de plomo y en su interior una imagen. Comenzaron a darle culto, primero en la iglesia del pueblo y después en un pequeño santuario que en su honor edificaron en el mismo viñedo donde apareciera. La ermita alcanzó fama, pero tras varios años se fue abandonando, hasta dejar de dar culto a la imagen. Por ella pasaría un vaquero, que, viendo el mal estado de la ermita, cogió la imagen, al llegar a la sierra de la provincia de Córdoba. Concretamente a la Sierra de la Gamonosas, en una concavidad del tronco de un alcornoque, depositó la imagen para rendirle culto. Al poco tiempo, en ese lugar, se levantaría un santuario, tras ello se creó una aldea a la que llamaron “Virgen venida de la Vil Viçosa”, pasando a denominarse posteriormente “Villaviciosa”, actualmente es “Villaviciosa de Córdoba”, a 43 km de la capital.
El Archivo Histórico Municipal conserva unas actas capitulares y de la hermandad que avalan que Nuestra Señora de Villaviciosagozó de la consideración de patrona del Ayuntamiento de Córdoba, en un documento de la Hermandad de Villaviciosa, con sede en la parroquia de San Lorenzo, fechado el 23 de septiembre de 1580, la menciona como “abogada y patrona de este Cabildo”.
