Al sur de la Capilla de Villaviciosa, en la ampliación de Abd-al-Rahman II, se encuentra el pórtico del trascoro, en una “catedral gótica normal” este sería el primer espacio que encontraríamos a la entrada pero aquí ante él no se encuentra la puerta de acceso al templo. A la nueva catedral se le quiso dotar de todos los elementos de una catedral gótica, pero adaptándola a la Mezquita, haciéndole el mínimo daño a ella, no podemos olvidar que grandes mezquitas aljamas de Al-Ándalus, como la de Sevilla, Málaga o Granada, fueron derribadas por completo para levantar el templo cristiano, lo que se hace en Córdoba es una “revolución”, para el siglo XVI, el edificio cristiano se construye integrado en el islámico.
La zona del trascoro es un diseño del maestro mayor de obras Juan de Ochoa (1602-1604), lo diseñó como pórtico del coro y de la capilla mayor.
El muro del trascoro es una bellas serliana, obra de Hernán Ruiz III, una obra manierista que se articula en cinco calles separadas por pares de columnas, con dos huecos con acceso al coro, cerrados con rejas y con frontones rectos. El conjunto se corona con un relieve de San Pedro en la Cátedra, flanqueado por cuatro figuras exentas. Podemos ver el escudo del obispo Pablo de Laguna (1603-1006).
La calle norte-sur, previa a la serliana, el deambulatorio, es una zona de tres calles en la que la arquitectura y relieves cristianos se integran en la construcción islámica de una bella forma, incluidos los pilares que se levantan para sostener la bóveda del coro. Aquí se encuentra el escudo del obispo Leopoldo de Austria (1541-1557), hijo del emperador Maximiliano I, y por tanto tío del también emperador Carlos I. Este obispo fue uno de los mayores impulsores de las obras para finalizar la construcción de la catedral en el interior de la Mezquita.
