En los laterales externos del coro se abren dos capillas a cada lado. en el lado sur las de San Pelagio y la del Dulce Nombre de Jesús, y en el norte las de Jesús, María y José, y la de Santo Tomás..
La capilla de «San Pelagio», fue construida en 1645, su decoración se debe a Antonio del Castillo (Córdoba:1616-1668), lo preside uno de los mejores lienzos de este autor, donde se representa el martirio de este santo. También es de Castillo el pequeño cuadro de la Adoración. Al pie de la reja hay una lápida sepulcral con una inscripción que deja constancia de la fecha en que falleció el fundador, el 17 de octubre de 1660, y en la que además se añade “edificauit viuens vt viuat moriens” (“edificó en vida para que, muriendo, viva”).
San Pelagio, o San Pelayo, nació en Albeos (Pontevedra) en el 911, fue educado en Tuy por su tío, obispo de esta ciudad. En 920 acompañaba al obispo y a la corte del rey de León en apoyo del reino de Pamplona que estaba siendo atacado por el califa Abd al-Rahmán III. Tras la derrota en la batalla de Valdejunquera, tío y sobrino fueron apresados. Después de tres años de cautiverio el obispo fue liberado, pero Pelagio quedó como rehén. La leyenda cuenta que Abd al-Rahmán III le requirió contactos sexuales (le prometía riquezas y honores si renunciaba a la fe cristiana y accedía a las proposiciones del califa), a los que se negó, lo que provocó su tortura (mediante tenazas de hierro) y muerte.
Sus restos se arrojaron al río de donde serían recogidos por los cristianos cordobeses y enterrados. En el año 967 los restos mortales de San Pelagio fueron depositados en el monasterio dedicado al santo en León. Entre 984 y 999 su cuerpo se trasladó a Oviedo, siendo finalmente depositado en el monasterio de las monjas benedictinas de San Pelagio de aquella ciudad.
