La capilla de «Santo Tomás”, fue fundada a inicios del XVII por el prior y canónigo Tomás Carrillo de Mendoza. Posee una portada manierista, realizada en 1625.
Las pinturas murales decoran la clave de la bóveda y los dos medios puntos de las paredes laterales. En el primero, se representa el Martirio de Santo Tomás, mientras que en los segundos, aparece una Virgen con el Niño y un Santo sin identificar. Tradicionalmente, dichas pinturas han sido atribuidas a Agustín del Astillo.
La reja que custodia el recinto es obra de Francisco Fernández, sobre ella se muestra el escudo de armas de Carrillo de Mendoza.
El interior de la capilla lo preside un lienzo del siglo XVI, en donde se representa la “Incredulidad de Santo Tomás”, quien decía no se creería la Resurrección de Jesús hasta no tocar con sus propias manos las heridas del Maestro. La capilla fue fundada por el prior capitular don Tomás Carrillo de Mendoza, fallecido en el 1628.
