Alonso Manrique de Lara nació en la provincia de Badajoz en 1471, hermano de padre del poeta Jorge Manrique, fue cardenal y político; ocupó los cargos de obispo de Badajoz y Córdoba, arzobispo de Sevilla e inquisidor general. Era sobrino del también obispo de Córdoba, Iñigo Manrique de Lara (1485 y 1496).
En 1499 Isabel I lo nombrará obispo de Badajoz. Tras la muerte de la reina tomaría parte por el rey Felipe I, enfrentándose al rey Fernando, quien lo metió preso. Marchó a Flandes como capellán y profesor del príncipe Carlos, desde allí mantendría informado al Cardenal Cisneros, quien en 1516 lo recomienda como obispo de Córdoba. En 1520 promovió un sínodo en la Catedral de Córdoba en la que muestra su mentalidad reformadora, adelantándose incluso a los acontecimientos de Trento.
Decide realizar una nueva catedral dentro de la Mezquita, que estuviese acorde al prestigio del obispado de la ciudad. A ello se opuso el corregidor de la ciudad, Luis de la Cerda, los corregidores eran los representantes del rey en una ciudad durante el Antiguo Régimen, antes de la creación de los ayuntamientos actuales.
Cuando el obispo hace público su deseo de crear la nueva catedral, el corregidor firmará el 4 de mayo de 1923 un decreto por el que se “prohíbe bajo pena de muerte a los albañiles, canteros, carpinteros y peones que fuesen a trabajar a la obra de la Catedral que se estaba deshaciendo para formar el Crucero”. Este documento se conserva en el Archivo Histórico Municipal.
Esto haría que el obispo contraatacara amenazando con excomuniones. El obispo jugaría su baza de conocer al Emperador, quien mediante una Real Providencia firmada en Loja el 14 d junio del mismo año, autorizaría la nueva construcción, si el obispo levanta las excomuniones. Por suerte el diseño del nuevo edificio lo realiza Hernán Ruiz I, quien lo proyecta eliminando lo mínimo, integrando lo más posible la arquitectura islámica a la nueva gótica con inicios renacentistas.
El 31 de agosto de ese mismo año el emperador nombrará a Manrique arzobispo de Sevilla e Inquisidor General y cardenal en 1531. Las obras de la catedral se iniciarán septiembre de 1523. Las obras darían comienzo el 7 de septiembre de 1523, ocupando un espacio de 1.500 m2, una superficie de once naves y doce tramos de las ampliaciones de Abd al-Rahman II y de Almanzor, un rectángulo de 75 x 37,5 metros.
Para la obra se designa como arquitecto a Hernán Ruiz I, “el Viejo”, quien debió ser un admirador del templo islámico, pues elimina las menos partes posibles e incluso utiliza algunas como partes del nuevo, como por ejemplo los laterales del crucero, tengamos en cuenta, que hasta entonces, para construir otras catedrales en España, se derribaron las mezquitas, como en Sevilla y Toledo.
El emperador la única vez que visitó la ciudad de Córdoba fue en 1526, tras su boda en Sevilla, la leyenda pone en su boca las palabras; «Habéis destruido lo que era único en el mundo, y habéis puesto en su lugar lo que se puede ver en todas partes,»
