El presbiterio es el área del templo que rodea el altar mayor, suele estar reservado para el clero y en él se encuentran diversos elementos litúrgicos, como el altar, la silla del sacerdote, en las catedrales la silla episcopal, o el ambón, o atril desde donde se realiza la lectura.
Entre ambos arcos del lado derecho se encuentra el monumento funerario del obispo Diego de Mardones (1607-1624), él fue quien asumió con su patrimonio, el coste del altar mayor. Frente a él la estatua de «Santiago Matamoros».
En el año 2007 el presbítero se somete a una amplia reforma. Los arcos laterales se encontraban cerrados mediante cristaleras, las cuales fueron desmontadas, se cambia la escalinata y se desmonta la reja que había en ella. Estos cambios se pueden apreciar en esta fotografía antigua de la Capilla Mayor.
El presbítero se cubre con una bóveda de crucería con tondos (motivos circulares) en donde se representan a apóstoles, santos y ángeles músicos.
De la bóveda cuelga una gran lámpara de plata realizada en 1629, ésta ha tenido restauraciones como consecuencia del daño sufrido al caerse en 1728, su peso es de 198 kg.
La mesa del altar se adorna con un frontal de plata sin punzonar, donado por un canónigo a finales del XVIII.
