El presbiterio es el área del templo que rodea el altar mayor, suele estar reservado para el clero y en él se encuentran diversos elementos litúrgicos, como el altar, la silla del sacerdote, en las catedrales la silla episcopal, o el ambón, o atril desde donde se realiza la lectura.
El presbiterio de la catedral tiene sus laterales abiertos mediante dos grandes arcos a cada lado, los cuales estaban cerrados mediante cristalera, hasta la reforma de 2077, como puede verse en la fotografía antigua. Entra ambos arcos del lado derecho se encuentra el monumento funerario del obispo Diego de Mardones (1607-1624), él fue quien asumió, con su patrimonio, el coste del altar mayor.
En esta antigua fotografía de la Capilla Mayor, se puede apreciar el cambio de los escalones, para acercar el altar a los fieles, según la reforma del Concilio Vaticano II, así como los arcos laterales se encontraban cerrados mediante cristaleras, hasta la restauración de 2007, así como la existencia de una reja en la escalera.
El presbítero se cubre con una bóveda de crucería con tondos (motivos circulares) en donde se representan a apóstoles, santos y ángeles músicos.
De la bóveda cuelga una gran lámpara de plata realizada en 1629, ésta ha tenido restauraciones como consecuencia del daño sufrido al caerse en 1728, su peso es de 198 kg.
La mesa del altar se adorna con un frontal de plata sin punzonar, donado por un canónigo a finales del XVIII.
