El coro se separa de la Capilla Mayor por una reja realizada en bronce, el año 1759, por unos talleres de la localidad cordobesa de Lucena; ésta se levanta sobre un pedestal de mármol negro, con adornos en rojo y blanco.
Pasamos al Coro para contemplar la sillería, que está considerada como una de las mejores de España, la dirección de la obra fue de Pedro Duque Cornejo. Fue subvencionado por orden testamentaria del arcediano José Díez de Recalde, quien deja 120.000 reales para la fábrica de los asientos corales.
Los 109 asientos son de madera de caoba de las Antillas, llevan centenares de relieves y miles de figuras.
Los 60 asientos superiores eran ocupados por los canónigos y arciprestes, los 46 inferiores por el resto del clero y los tres del frontis, por el obispo y otras dignidades.
La parte izquierda es el «Coro de los Deanes» y la derecha el «del Arcipreste”.
La sillería superior tiene medallones con representaciones el Nuevo Testamento, en la parte alta, y del Antiguo Testamento, en la parte baja.
La sillería inferior las representaciones son de mártires de la iglesia.
Como es habitual en estos coros, los asientos van dotados de “Misericordias”, con el fin de que la persona que ocupaba el sitio, al tener que estar tanto tiempo de pie, levantaba el asiento se apoyara en ella dando la impresión de no estar sentado. Esta compleja obra, en la que no queda ni un solo sitio sin decorar, se realizó entre los años 1748 a 1757.
El trono episcopal representa un retablo de dos cuerpos y tres calles, el centro del cuerpo superior se decora con una Ascensión, rematándolo una figura del Arcángel San Rafael, bajo el que se sitúan las virtudes Prudencia y Templanza. En las calles laterales se encuentran las figuras de Santa Teresa y María Magdalena.
En el coro se encuentran dos órganos italianos del siglo XVII, el del lado del Evangelio fue electrificado y es utilizado en la actualidad; también encontramos dos relojes fabricados en Inglaterra en los años 1737 y 1758.
El suelo del coro se enlosó en 1752 con piezas blancas y negras traídas desde Génova.
A la entrada se encuentra el enterramiento de Duque Cornejo, autor de los relieves de la sillería, quien falleció en 1757, días antes de la inauguración del coro, por lo que el cabildo lo premió dándole sepultura en el interior de la catedral, siendo trasladado a este lugar en el año 1951.
El espacio del coro se cubre con una bóveda de cañón rebajado, realizada entre los años 1597 a1601, por el arquitecto manierista Juan de Ochoa, quien le da una profusa decoración a base de relieves, estando en el centro una Inmaculada, a la que acompañan San Acisclo y Santa Victoria. Los lunetos se decoran con figuras de ángeles músicos, profetas, virtudes y el escudo del obispo Reinoso.
Cierra el coro una fachada en forma de retablo cuyo gran arco de medio punto es obra de Hernán Ruiz I, su nieto labraría una cornisa interna, y Juan de Ochoa levantaría un retablo de dos cuerpos y tres calles, separadas éstas por dobles columnas. Con motivo del terremoto de Lisboa de 1755, se cegaron las ventanas y se decoraron con lienzos (como se puede apreciar en la fotografía). En la restauración del año 2007, se reabrieron las ventanas y se eliminaron los cuadros.
Corona la obra el escudo episcopal de Juan de San Clemente y Torquemada, patrocinador de esta pared-retablo. A su espalda, junto a la Capilla de Villaviciosa, se encuentra el “Trascoro”, obra de Juan de Ochoa en donde dos puertas dan acceso al coro.
