El trasaltar es la nave que corre a la espalda de la capilla mayor, en este caso corresponde a una de las naves de la ampliación de Almanzor, se cubre con una bóveda gótica realizada por Hernán Ruiz I, y lo fecha el escudo obispal que lo preside, corresponde a Pedro Fernández Manrique, que ocupó la silla cordobesa entre 1537 y 1540, tras haber ocupado anteriormente las de Canarias y Ciudad Rodrigo, falleció en Roma el año 1540 siendo obispo de Córdoba, había sido nombrado cardenal dos años antes
Fray Juan Álvarez de Toledo (1523-1537) aportó la exquisita decoración de la bóveda del trasaltar, se le atribuye a Hernán Ruiz I, su programa iconográfico se inspira en los Profetas y las Virtudes.
Importantes son los relieves, de gran calidad, insertos en los tímpanos de los arcos de herradura que integran el trasaltar, de manos anónimas, en ellos se representan cinco escenas de la Pasión de Jesucristo.,”El Prendimiento de Jesús en el Huerto de los Olivos”, “Camino del Calvario”, “La Crucifixión”, “El Descendimiento de la Cruz” y “La Resurrección”.
La intervención del obispo Álvarez de Toledo, la culminará Leopoldo de Austria (1541-1557),
Para Don Manuel Nieto Cumplido, el programa iconográfico realizado por Álvarez de Toledo en la bóveda del trasaltar lo culminaría Don Leopoldo de Austria con la decoración del deambulatorio de los pies del coro, es decir, al otro extremo de la Capilla Mayor. En este caso, se decoró la bóveda de crucería gótica con ocho figuras de virtudes de gran belleza y acertada composición.
Bajo los relieves se encuentran tres pequeñas capillas del siglo XVI en las que la columna queda en centro de la reja, son de norte a sur. la «Presentación», «del Ángel Custodio» y «San Bernabé»-
Junto a esta capilla se encuentra la puerta de acceso a la sacristía de la Capilla Mayor, obra de Hernán Ruiz I.
