En la nave del trsaltar se abren tres pequeñas capillas, perfectamente integradas en las arquerías, con relieves de la Pasión por encima. Son las capillas de «La Presentación», «del Ángel Custodio» y de «San Bernabé».
La capilla número 54, «la Presentación», fundada por los hermanos Ruy Pérez Murillo en 1587. Posee un retablo de mármol en el que hay un relieve de la Presentación de la Virgen en el Templo, por encima un Calvario y la representación de San Roque, San Pedro y San Andrés. Completa la decoración de la capilla un cuadro de la flagelación de Jesús (siglo XVII).
En el centro se encuentra la capilla nº 53, «del Ángel Custodio», es de 1531, patronazgo de Diego Vello, como capilla funeraria. Posee un relieve en madera policromada con el Descendimiento de mediados del XVI.
Su altar es de azulejos y en él se representa a Abraham con su hijo Isaac dirigiéndose al sacrificio.
Dos cuadros cuelgan de sus paredes, “La Epifanía” (s. XVI) y “María con el Niño y ángeles” (s. XVII). Al pie del altar, podemos encontrar la lápida sepulcral con el escudo del fundador y la fecha de su muerte: el 13 de agosto de 1548
Por último la capilla nº 54 de «San Bernabé», cuyo patrón sería Diego Fernández de Argote (año 1539), se encuentra adornada con una de las mejores obras renacentista labrada en mármol en el XVI, el conjunto se compone de frontal, mesa y retablo, todo en mármol con relieves, preside el retablo el relieve del Calvario, estando a sus lados las figuras de San Bernabé y San Matías, y en los extremos las de San Sebastián y Santa Lucía, es obra del francés Jacques Luquin (1541).
La reja que cierra este espacio se instaló en el año 1868.Junto a esta capilla se encuentra la puerta de acceso a la sacristía de la Capilla Mayor, obra de Hernán Ruiz I.
