Cierra el Puente Romano, al sur, una gran torre‑atalaya, defensa del puente y por tanto de la entrada sur a la ciudad, es la Torre de la Calahorra. Según la web “torrecalahorra.es”, el término “Calahorra” es prerromano y se difundió́ en al-Andalus como “qalahurra”, utilizándose tanto como nombre de poblaciones, como para designar torres importantes y aisladas.
Se sabe que desde tiempo romano en este lugar debió de existir una posición defensiva para proteger la entrada al puente. Se tiene constancia que una defensa dificultó la entrada a las tropas de Fernando III en 1236, cuando conquistó la capital. Cien años después, en 1339, Alfonso XI levantaría una nueva torre sobre el solar de lo que fuera la torre musulmana. En el año 1396, durante el reinado de Enrique de Trastámara se reconstruye una tercera torre, uniéndose todas ellas por dos cilindros con la misma altura que aquellas, se le dotó de foso y puente levadizo, la escalera que se puede ver en la fachada, sobre la puerta, al parecer servía de acceso al puente. Testimonio de dicha intervención es el escudo de armas de Castilla y León en la fachada oriental. El escudo de Enrique II se puede ver en otros dos lugares de la ciudad, en la Puerta del Perdón y en la capilla Real, ambos en la Catedral.
El segundo cuerpo es obra del siglo XV y en él se aprecia una almena embutida de la torre occidental del s. XIV. En el centro de la corona de almenas se puede ver un matacán (caja de obra volada, cuyo piso en vuelo y perforado, permitía el lanzamiento de proyectiles verticalmente). También del siglo XV es la ampliación hacia el sur de la torre central y se levantan dos torres cilíndricas.
En 1514, Juan I de Castilla ordena que la Calahorra sea rodeada con una barbacana defensiva casi adquiriendo el aspecto por el que hoy la conocemos. Desde finales del siglo XV, la aparición de la pólvora transformó los recintos defensivos. Se añadieron troneras “de orbe y cruz”, unos orificios desde donde disparar con pólvora.
Tras perder su utilidad defensiva, esta torre, que poseía en el siglo XVIII su propio alcaide, pasaría a ser prisión de nobles y más tarde cárcel común, prisión militar, cuartel del ejército, pasando luego a albergar un destacamento de la Guardia Civil (hasta 1960), incluso en 1863 llegaría a ser adaptada como escuela de niñas; con motivo de una epidemia que sufrió la ciudad en el año 1781, fue utilizada la torre para aislar a los enfermos en ella.
En 1931, fue declarada Monumento Histórico Artísticos y en 1985, la ley de Patrimonio Histórico Español le otorgó la máxima categoría de protección al Monumento.
Al aproximarnos a la fachada norte, la que mira al puente, podemos observar vestigios de las reformas realizadas por Enrique II, lo primero que destaca es un gran arco de herradura cegado, que hacía las veces de puerta del puente y unía dos torreones.
A inicios del siglo XXI en la zona del Puente Romano se realiza unas amplias obras de reformas y consolidación que afectaron, para bien, a esta torre, recuperándose los arcos del puente junto a ella y el foso tras la barbacana.
Según el escritor José Manuel Morales los caballeros Templarios acompañaron al rey Fernando III en la toma de la ciudad en 1236, motivo por el que el monarca entregaría a éstos una serie de posesiones en agradecimiento por su ayuda. Una de ellas sería esta torre, y otra podría haber sido, aunque no está demostrado, la mezquita del Amir Hisham, que derribaron para levantar su propia iglesia en la que aprovecharon el alminar como campanario, es la actual iglesia de Santiago, pues tras su eliminación en el siglo XIV, esta orden se transformaría en España en otras, como la de Santiago.
Tras quedarse el Ayuntamiento con su propiedad se acomete la restauración, derribando los elementos que se habían añadido en su interior para adaptarla a las diversas funciones anteriores. Tras ello se instalaría una exposición sobre el Gran Capitán y posteriormente se abriría aquí el Museo Histórico de la Ciudad, hasta que en 1987, se cede el edificio, de forma temporal, a la Fundación Roger Garaudy.
