La última de las capillas del muro oriental de la Mezquita, la número 38, está dedicada al franciscano «San Antonio de Padua», nació en Lisboa el año 1231, con el nombre de Fernando Martin de Bulhões, tomó el nombre de Antonio al profesar como franciscano, falleció en Padua en el 1231.
La capilla fue fundada en el año 1636, posee una planta cuadrangular cubierta con cúpula y linterna. Al igual que la capilla anterior, posee portada de mampostería con arco de medio punto entre pilastras. Se encuentra el escudo del fundador, Fernando Sarmiento.
Su retablo es de 1636, consta de banco, cuerpo y ático. En el banco se aloja una pequeña imagen del Niño Jesús. El cuerpo se divide en tres calles mediante columnas, en el centro se encuentra una imagen de San Antonio de Padua, las calles laterales se decoran con dos lienzos cada una, donde se representan a San Gregorio Magno, Santa Teresa, San Francisco Javier y San Ignacio de Loyola.
El ático, también dividido en tres, se decora con lienzos, en el centro una Inmaculada, a los lados, San José y El rey San Fernando.
Fuera del retablo se encuentran cuatro esculturas, San Joaquín, San Blas, Santa Teresa y San Juan de la Cruz. Estas dos últimas proceden del Convento de San Roque. La bandera de Portugal hace alusión al santo titular de la capilla.
Aquí se encuentran enterrados el fundador de la capilla y las hermanas de éste, así como el artista Sebastián Vidal, arquitecto andaluz del XVII, autor de la fachada del convento de los “Padres de Gracia” en Córdoba.
Frente a esta última capilla, se encuentra una columna en la que, no se sabe cuándo alguien grabó un crucifijo, con la imagen del Cristo, que es casi inapreciable.
