La fachada sur es la que más cambios ha sufrido en su fisonomía. Las cinco primeras cortinas, que coinciden con lo que sería el sabbat del interior de la mezquita, fueron reformadas a primeros del XVII, por el obispo fray Diego de Maradones, con el fin de mejorar la iluminación de las dependencias del Archivo Catedralicio, presenta cada una tres arcos superpuestos de ladrillo, situándose en las dos superiores balcones donde se encuentran pintados los escudos del obispo Mardones (1607-1624) y el de la Catedral (siglo XVIII).
En las dependencias que dan a los balcones de la tercera planta se situa el Archivo de la Catedral, que sería fundado en 1236 al ser entregado el monumento islámico a la Iglesia, conservándose documentación desde entonces, como los privilegios que concede Fernando III a la Catedral y las bulas concedidas por el Papa Gregorio Nono, con motivo de la conquista de la ciudad.
En el siglo XVIII, entre los arcos, se instaló un pequeño altar dedicado Nta. Sra. del Pilar, aunque popularmente se ha conocido como “Virgen de los Caminantes”, ya que ante ella, ofrecían sus plegarias los que entraban o salían por la Puerta del Puente, situada frente al altar.
Junto a estos balcones vemos un gran machón que determina la espalda del Mihrab. A continuación de éste vemos otro gran saliente, corresponde a la capilla del “Cardenal Salazar” o de “Sta. Teresa”.
Pasada esta zona, coincidiendo con la “plaza del Canónigo Torres Molina”, es donde se produce la unión con la ampliación de Almanzor. En la cortina octava se aprecia un balcón plateresco realizado, en piedra, a inicios del siglo XVI, restaurado en el año dos mil. Este balcón formaba parte de la antigua Capilla Real de San Clemente (año 1262), en la que se celebraban las sesiones capitulares desde mediados del XIV a principios del XIX. En 1932 pasó a ser el Museo de San Clemente, en donde se exponen piezas localizadas en el edificio.
Al final de la pared sur se encuentra un retablo de jaspe rojo con frontón partido con restos de frescos que corresponde al tras-altar de la capilla del “Sagrario”, en donde, en mal estado, se aprecia la pintura de una Custodia, por encima unas figuras representan las virtudes teologales de la Fe, la Esperanza y la Caridad.
