El segundo patio del Alcázar es el “Patio Morisco”, era el utilizado por los hombre en la etapa de cárcel e este edificio.
Tiene forma de C, con edificios en tres de sus lados y la muralla gótica en el lateral oeste, através de ella se comunica con los jardines y en este lugar podemos ver una columna romana a cota original, muy por debajo del suelo actual., podría pertenecer al edificio de la aduana romana, fue excavada en 1951, pues en las excavaciones realizadas tras la adquisición por parte del Ayuntamiento, se levantó la arena que cubría este antiguo patio de presos, apareciendo, a un metro de profundidad, la estructura original de los jardines, realizando una restauración que conserva una disposición muy similar a la original.
El patio poco conserva de su pasado medieval, tan solo la pared oeste, que nos separa de los jardines, y retos de un muro, posiblemente perteneciente a un zócalo donde se aprecian dibujos geométricos, realizados en estilo árabe, junto a escudos de Castilla y León, perteneciente a una sala palaciega.
El jardín está dividido en cuatro cuadros por dos caminos que lo cruzan formando una cruz, apareciendo en cada uno de ellos la vegetación de los jardines andalusíes: alelíes, arrayanes, jazmines, limoneros y naranjos. En el centro, aparece una fuente de casquete y en cada extremo del camino más largo hay sendas albercas. En el lateral este se encuentra una galería por la que discurre la “Pieza Central”, una construcción que atraviesa la explanada central de norte a sur y la divide en las dos partes que forman los dos patios. Data del tiempo en que el Tribunal de la Inquisición tenía su sede en el Alcázar, su finalidad era aumentar el número de celdas ya existentes. Bajo esta galería de arcos discurre un antiguo muro.
En la esquina noreste del patio, al norte de la “Pieza Central”, se encuentra la “Sala de Acceso”, donde se expone un busto del Gran Capitán, obra del autor cordobés Mateo Inurria. Este busto puede considerarse como la primera de las representaciones que hizo Mateo Inurria de Gonzalo Fernández de Córdoba, el busto es un trabajo académico perteneciente la época de alumno, en él traslada los rasgos de una obra de Bellver, donde el militar es representado vestido a la moda italiana, destacando en su pecho el medallón de la “Rosa de Oro”, concedido por el Papa Alejandro VI, por sus servicios para arrebatar la ciudad de Ostia de manos francesas. Este vaciado en bronce del original de escayola se realizó en la conmemoración del 550 aniversario del nacimiento del Gran Capitán.
En esta zona también se expone un bajorrelieve conmemorativo a la estancia en este Alcázar de Abenchara Chambeneguer, esposa de Tenesor Semidán, el Guanarteme (rey) de Gáldar, territorio al NW de la isla de Gran Canaria, quien tras la conquista de este territorio se cristianiza y toma el nombre de Fernando Guanarteme, colaborando con los conquistadores en la pacificación de la isla y en las conquistas de La Palma y Tenerife.
Durante la conquista de Canarias las tropas de Castilla, en el verano de 1482, tomaron presas a varias mujeres que estaban en la playa de Guayedra, una joven embarazada fue herida, al llevarla al campamento castellano fue reconocida como la mujer del Guanarteme de Gáldar, la reina canaria sería embarcada rumbo a la península. El 31 de agosto llegaría a Córdoba, en donde se encontraba la corte, dado su estado quedó al cuidado del alcaide del Alcázar, donde vivía la reina Isabel la Católica. En este edificio, el 30 de septiembre, Abenchara dio a luz una niña a la que llamaron Catalina. En unos informes firmados por el Alcaide del Alcázar, dice: “gasté con la dicha reina de Canaria, de su mantenimiento de once meses y medio que la tuve en mi poder, hasta quince días de agosto que la entregué a su marido por mandato del Rey nuestro señor, para llevarla a su tierra…”.
La reina fue enviada como cautiva a la corte, algo que no admitió la reina castellana, por ello fue tratada como lo que era, una reina. El relieve de bronce, obra del artista canario Facundo Fierro, tiene una inscripción que dice: “La Reina Isabel de Castilla acogió en este alcázar bajo su protección y cuidado a la cautiva Reina de Canaria. Aquí vivió y alumbró una hija. Terminada la conquista regresó a su Isla con su esposo Fernando Guanarteme. 1482-1483”.
