La vida de la Capilla de Villaviciosa va desde 1236 a 1607, año en que se inaugura la nueva Capilla Mayor tras casi un siglo de obras.
Tras la autorización, en el año 1523, por el emperador Carlos I de la construcción del nuevo templo dentro de la Mezquita, el obispo Alonso Manrique (1516-1523) encarga la dirección de obra a Hernán Ruiz I, “el Viejo”, hijo del cantero Gonzalo Rodríguez, realiza un proyecto gótico con elementos renacentistas; le daría tiempo a levantar las paredes del coro hasta las ventanas y las bóvedas góticas en la zona sur, así como trabajos en la ampliación de Almanzor, añadiendo bóvedas góticas a las naves del trasaltar. Trabajará con los obispos Juan Álvarez de Toledo, Pedro Fernández Manrique y Leopoldo de Austria.
A su muerte en 1547, el obispo Leopoldo de Austria (1541-1557), nombrará a su hijo, Henán Ruiz II, “el Joven”, para que continuase la obra, él será quien realiza los muros del transepto (nave transversal que cruza de forma perpendicular a la nave principal) y los contrafuertes. Durante el episcopado de este obispo las obras del templo continuaron con fuerza, en poco más de 15 años se elevaron los muros de cierre de la cabecera y brazos. De marcada formación humanista, el joven Hernán Ruiz, discípulo de su padre y del maestro Diego de Siloe, respetó en gran medida los trazos realizados por su padre, como puede apreciarse en las bóvedas de crucería gótica de los brazos del crucero, aunque en la realización de los muros empleó esquemas renacentistas.
Tras morir Hernán Ruiz II, en 1569, las obras de la catedral sufren un parón de casi 30 años. No será hasta la llegada del obispo Francisco Reinoso Baeza (1597-1601), quien en 1599 contratará a Juan de Ochoa, cordobés y bautizado en este templo, para las obras del cimborrio (punto donde se cruzan los dos brazos del crucero), y al siguiente año sería contratado para su decoración y la del coro.
El día 7 de Septiembre de 1607 se dieron por concluidas las obras de la Capilla Mayor y Coro nuevos, con la realización, por parte Juan de Ochoa, y aunque éste había muerto recientemente, de la fachada del trascoro. Acababa de llegar, entonces, el nuevo Obispo de Córdoba, Fray Diego de Mardones. La obra arquitectónica había finalizado, quedaba el retablo y la sillería del coro. El retablo lo encarga y financia el obispo Mardones, se le encarga al jesuita padre Matías, sus obras comenzarían en 1618, por ser trasladodo el jesuita fuera de Córdoba, las obras las finaliza en 1627 Juan de Aranda Salazar.
La sillería del coro hubo de esperar más años, hasta 1747, cuando Pedro Duque Cornejo ganase el concurso convocado por el cabildo para ejecutar una nueva sillería del coro, inaugurado diez años más tarde.
