En el lado oeste del Puente de San Rafael se encuentran tres molinos, “de la Alegría”, “San Rafael” y el de “San Lorenzo”, los cuales comparten y se conectaban por la azuda (barrera hecha en los ríos para facilitar el desvío de parte del caudal), hasta la construcción del Puente de San Rafael.
En el margen derecho del río se encuentra el Molino de la Alegría o de los Regulares de la Compañía. Se ubica entre dos canales aliviaderos, uno de los cuales lo separa de su azuda y el otro, a través de un puentecillo, lo une a la tierra, donde existe una construcción anexa destinada a batán de época renacentista. Sus orígenes son islámicos, la obra más antigua que se conserva es de finales del siglo XVI, como la puerta principal y la del batán.
A partir de 1272 por donaciones diversas aceñas (molino harinero de agua situado en el cauce de un río) de este lugar pasaron a propiedad de la iglesia. En el siglo XV la mayoría de éstas fueron convertidos en batanes, constando en el inventario del Cabildo de la Catedral la existencia en la Alhadra de tres batanes y tres aceñas de rueda vertical. En el siglo XVII esas antiguas aceñas y batanes fueron sustituidos por una nueva tecnología de regolfo, (retroceso del agua al chocar con un obstáculo). En 1780 un particular comprará sus ruinas al Cabildo y lo reedifica, denominándose a partir de ese momento Molino de la Alegría. En torno a 1910 sufrió una importante remodelación, siendo reedificado convirtiéndose en una fábrica de harinas de tres pisos, con cuatro pares de piedras y una turbina. En 1919 pasó a una Sociedad Anónima denominada La Harinera Cordobesa hasta que en 1928 fue vendido a la Sociedad de Gas y Electricidad de Córdoba, luego en 1940 pasó a la Compañía Eléctrica Mengemor y a la Sevillana de Electricidad en 1964. El edificio fue restaurado y rehabilitado en el año 2000, para instalar en los pisos superiores el Museo Paleobotánico del Jardín Botánico.
Junto al molino vemos un camino empedrado en una zona, discurre entre éste y el Jardín Botánico, es el antiguo “Camino de la Alameda del Obispo”.
En el margen izquierdo se encuentran dos molinos unidos, son el molino de San Lorenzo o del Hierro y el de San Rafael, desde mediados del siglo XIX ambas construcciones quedaron unidas bajo la denominación única de Molino de San Rafael.
El molino de San Lorenzo aparece en el inventario del Cabildo de 1575 con el nombre de Salmerón, contando con cuatro batanes. Entre 1650 y 1800 estos batanes se convirtieron también en molino harinero de regolfo, provisto de piedras de moler. A inicios del XIX su propietario era Lorenzo de Basabru, quien construyó y levantó de cimientos un molino harinero y fábrica de papel, es el edificio que subsiste más próximo a la orilla, siendo denominado Molino de San Lorenzo en honor a su constructor. Funcionó como molino de papel hasta 1840. Cuatro años más tarde su hija lo transforma en molino harinero con siete piedras de moler. Posteriormente se adaptó para producir electricidad al ser vendido a la Compañía Mengemor, al igual que el de San Rafael. Su núcleo central es de planta cuadrada cubierto con una bóveda, el paso de agua lo tiene mediante una bóveda de cañón de ladrillo, el puente de acceso es de tres ojos, con dos crujías adosadas paralelas a la dirección de la corriente al oeste, y que se encuentran separados por arquería. Al exterior y cerca de la entrada existe un puentecillo con una escalera para acceder a la terraza superior sobre la que se conservan restos de una construcción.
El Molino de San Rafael fue construido por Lorenzo Basabru, cuando compra el de San Lorenzo, teniendo funciones similares. Al norte del molino hay un canal entre dos andenes, uno adosado al molino y otro a la azuda que compartía, con el Molino de la Alegría, por el sur se entra a una sala en ábside, actualmente sin cubierta, con salida al andén norte, donde se sitúan las guías de compuerta al pie del muro que lo separa de la sala del molino situada al oeste. La sala de molienda es triple, una parte central de planta cuadrada y dos paralelas de planta trapezoidal. Este molino se conserva con su estructura y terraza original sin que haya tenido ninguna edificación posterior.
