En el muro norte, que separa la sala de oración del patio, se instalaron, desde el siglo XIII capillas funerarias que cegaron los arcos de comunicación y entrada de luz. A mediados del siglo XX se eliminaron las capillas que se encontraban entre la Puerta de las Palmeras y la pared occidental, al quedar libre estos arcos, se instalaron unas amplias celosías de madera, diseña del arquitecto afincado en Córdoba Rafael de la Hoz Arderius (1924-2000).
Entre la Puerta de las Palmas y la salida, junto a la Puerta de Santa Catalina, se encuentra diez capillas, cinco en la zona de Abderramán I y otras cinco en la de Almanzor. Todas estas capillas poseen una portada de mampostería.
Para recorrer estas capillas lo iniciaremos por la más cercana a la Puerta de las Palmas o de las Bendiciones, hacia la puerta de salida del templo, en sentido descendente de la numeración, de la numero 49 a la 39.
Capillas: …………………………………….Altares
39 Santa Úrsula y Sta. Frca……………….U: San Isidoro.
40 Los Santos Varones…………………….V: Ángel de la Guarda
41 Animas del Purgatorio………………….W: San Cristóbal
42 Nuestra Señora del Rosario…………..T: Santa Bárbara
43 El Cautivo………………………………..S: San Felipe y Santiago
44 La Epifanía………………………………R: Santa Cruz
45 San Miguel o de San Eulogio.
46 Nta. Sra. de la Antigua
47 Sta. Mª Magdalena
48 San Esteban
49 San Eulogio
